【“标准模型”是否反相？】

第１个观点是正确的。
第２个观点有点问题－－ 是天文观测的结果提示暗物质的存在。根据观测的事实，辅之以广相(GR)或牛顿引力均可以推出暗物质的存在，尽管使用二者对暗物质的密度的推断，会略有不同。
实际上标准模型(SM)是在量子原理和狭义相对论两个共同约束下构建起的理论。在目前的实验精度下，粒子的行为都没有发现任何对这两个原理表现出抵触。（这个领域里，理论上或理论与观测上的不自洽叫做anomaly, 如果有兴趣，可以去搜索这个词，看SM曾有什么anomaly，以及是如何解决或正在解决的）。
SM并不是完善的，因为它不描述引力。同理，GR是不完善的，因为它不受量子原理约束。 但并不能说SM反相。反相是指在SR或GR的适用范围内出现抵触(anomaly)，但SM并没有抵触SR，也没有在GR适用范围内抵触或描述任何引力。

举个例子，超光速中微子的实验是真正的反相，因为它在SR的范畴内抵触了它。 SR明确了粒子速度的上限，其他粒子均遵守，而那个实验的中微子超过了那个上限。 但是，那个实验被指出有错误，最终结果未被采信。根据最后那段话，我或许想建议楼主不必先带着反相的倾向去阅读那些资料，而是保持open的心态，冷静地分析各类理论和观测事实是否和相对论有抵触，以及可能的解释或解决方案。

人参驾到 公鸡开始

相对论和量子理论都不是完备的理论。