根据部分历史记载和民间传说，一种观点司马懿的直系后代在东晋灭亡时已经断绝。例如：东晋权臣刘裕在灭东晋后，对司马氏家族进行了彻底的清洗，不论男女老少均被屠杀殆尽。浙江嵊州保留的明清时期《司马氏宗谱》记载其第49代孙司马亨为确凿最后可考直系后裔，但此后族谱中断。
尽管直系后代断绝，但司马懿的远支后裔可能延续至今：司马懿有11支后裔在东晋灭亡时存活下来，其中晋元帝司马睿一脉建立了东晋。
现代部分家族自称是司马懿的后代，但多为远支旁系，且缺乏确凿证据证明其直系血缘关系。
现代学者普遍认为司马懿的直系后代在历史演变中已彻底断绝，而现存司马姓人群多源自其他支脉或误认祖先的情况。
部分家族因历史原因改姓或混淆祖先，导致现代很难以准确追溯其直系血缘关系。