夏商周断代工程对郑州、偃师两座城址年代关系的结论，在最新刊布的《夏商周断代工程报告》中，因执笔的首席科学家的不同而表述各异。负责考古方面的首席科学家李伯谦在其执笔的“商代前期的年代学研究”一章中认为：“郑州商城和偃师商城是已知时代最早的商代都邑遗址，其始建年代最接近夏商更替之年”,“如果郑州商城的始建也以宫城和早期宫殿的始建为标准，则郑州商城和偃师商城始建的年代就基本一致了”。“现参考前述其他数据和研究成果，将商代始年估定为约公元前1600年。”而负责测年方面的首席科学家仇士华在其执笔的“夏商周考古年代的14C测定与研究”一章中则指出：“二里岗期上限不早于公元前1540年”,“根据现有的考古资料和年代测定结果，二里岗文化不可能是最早期的商代文化。二里头文化在时间上跨越了夏代中、晚期和商代早期”。（断代工程专家组 2022)诚如有学者在该工程阶段成果报告（简本）（断代工程专家组 2000）刊布后不久即指出的那样,“对二里头遗址各期的测年结果表明，二里头文化第三期的年代也落在这一时间段内，即公元前1610年-前1555年。如此，二里头文化第三期也应属商代初年，属早商文化，二里头文化第三期和二里岗下层同时了。这与公认的从二里头文化到二里岗文化的考古学编年相矛盾。”（刘绪 2001）看来，在最新的《夏商周断代工程报告》中，这一问题仍未解决。依《报告》给出的最新测年数据，偃师商城存在时间约为公元前1560-前1320年（断代工程专家组 2022）。这座城址由兴至废经历了约200年时间，其间的布局结构也随时间的推移而有所变化。