一段碱基序列是外显子还是内含子是根据基因表达来区分的，当他表达不同基因（重叠基因）的时候同一段序列可能在基因A中是外显子在基因B中又是内含子，此外即便相同的一段基因表达也是有不同的剪切方式的（可变剪切），在不同的剪切方式中可能某一段系列在剪切方式A中被去除而是内含子，在另一种剪切方式中又被保留成了外显子

外显子和内含子的初步认定是通过对真核生物的基因序列分析得出的，其中可能会在转录后会被剪接体剪去的称为内含子，其余则是外显子。并不是所有基因转录产物都会变成mRNA上的编码区域（还有UTR即未编码区，以及很多其他种类的RNA），所以外显子不一定编码氨基酸。
剪接体识别内含子和外显子的方法是通过其中的snRNPs（细胞核内的一种蛋白核酸复合体）识别特定的RNA序列进行剪接，但这个识别过程和剪接过程会受到神秘机制的调控（目前尚未研究清楚）导致外显子的跳过或者内含子的保留（即可变剪接）。因此真核生物中的内含子其实有相当一部分还是会被最后翻译成氨基酸链。

等你完全学会，老师会给你讲这段的