个人理解，序章结尾是取得了权限、开始在沙勒工作，后面主线就是工作后到各个地方解决问题，算是有联系吧

主线剧情的“x.y篇”，x指的是“y部分剧情的第一章”发生的时间顺序编号，而其内部第z章中的数字z，是y部分剧情发生的顺序。
所以“1.对策委员会篇”的意思是“编号1，阿拜多斯部分主线剧情”，其内部先第一章再第二章，这两章时间顺序有先后，包括以后会出的第三章，仅看阿拜多斯部分，时间上也是在其第二章之后的。
但是，这不代表“1.阿拜多斯部分的第三章”的时间顺序在“3.伊甸条约篇（崔妮蒂部分）第一章”之前。
大编号只能说明“1.阿拜多斯部分的第一章”的时间“3.崔妮蒂部分的第一章”之前。
能理解了吗。
本质上讲，剧情的时间顺序是其游戏内发布的顺序，这同时包含了活动剧情和主线剧情。