杀手3最后结局选择不同有不同的结局，选择刺杀亚瑟之后会离开火车，一年后会再次找到吉安娜。
1、结局1：选择刺杀亚瑟·爱德华，之后杀手47将逃离火车，该章节到此结束。一年后，47会再次找到吉安娜。从剧情我们可以猜出47是去找吉安娜继续完成自己的救赎使命。



2、结局2：选择使用血清刺杀亚瑟·爱德华，这个结局会使亚瑟·爱德华失去记忆。之后杀手47依然会逃离火车，一年后47会再次找到吉安娜，继续完成自己的救赎使命。



3、结局3：选择使用血清，47会向自己注射血清，然后失去记忆晕倒在地。当他醒来后，亚瑟会再次呼唤他进行新的任务。