《宝可梦传说：阿尔宙斯》的一周目和二周目区别主要在于剧情的不同，并且二周目时主要玩法就是抓神兽、刷闪和做课题。
1、二周目时，会开启和一周目不同的剧情任务。其实严格来说，这一版的二周目不像正常二周目，更像是一周目之外剧情的延续。
2、二周目时依然要集齐宝可梦图鉴，一周目时的进度也会保留下来，接下来玩家主要就是在游戏里不停收集神兽与异色宝可梦等。