第一军团【暗黑天使】中的一部分战士在执行着更为秘密的任务，但任务的具体详情不得而知，而他们的再次出现是在帝国的对立方（暗黑天使也是唯一一个派系众多的军团，卢瑟代表的认为帝国压榨卡利班想让其独立的卡利班派，阿斯特兰代表的忠于帝皇但不服狮王的帝皇派，扎哈瑞尔代表的受到衔尾蛇混沌能量影响的混沌派，以及不知派系的赛弗）
第五军团【白色疤痕】因为当年同第十六军团【荷鲁斯之子】的合作关系导致军团内相当一部分战士是亲荷鲁斯派，在大叛乱爆发后他们选择站在战帅一方并希望原体也加入
第六军团【太空野狼】的一个佩戴着荷鲁斯之眼标志的大连在008.M31的Neo Cadiz世界上屠杀了数百万人口
第七军团【帝国之拳】的一部分战士被过去的信息所误导，他们最终半推半就成为了战帅荷鲁斯的帮凶
第九军团【圣血天使】驻扎在巴尔的部队中有人得知大天使死讯的谣言后没能控制住自身的血渴，转而跟叛乱派狼狈为奸
第十军团【钢铁之手】的一部分在第十六军团【荷鲁斯之子】服役的战士因其优秀的作战表现获得了战帅荷鲁斯的亲自嘉奖并授予了警戒之眼/惕警之眸的名号；自此之后，这一名号就代表着那些跟随战帅一同作战并得到了这位伟大战士信赖的铁十军团部队，而他们中的一部分人也在大叛乱爆发后选择加入荷鲁斯的队伍（在梅左阿铸造世界攻坚战当中也出现过一个混合使用着来自钢铁之手和荷鲁斯之子两个军团的武器装备的阿斯塔特连队）
第十三军团【极限战士】的一部分战士选择站在战帅一方，其参与的第一场战役就是考斯之战，与第十七军团【怀言者】一同屠杀自己曾经的兄弟
第十八军团【火蜥蜴】参与了伊斯塔万五号战役的一部分战士选择加入叛乱派，对烈火的了解转化成了无尽的罪恶，在大叛乱中犯下了累累罪行
第十九军团【暗鸦守卫】伊斯塔万五号上被叛军包围后一部分战士认为只有背叛才能活下去，故加入荷鲁斯的队伍屠杀忠诚派的兄弟（参考案例叛变鸦卫罗夏，在伊斯特凡五号战场上发现被叛军包围后因压力过大开始无差别屠杀周围的一切友军，杀到连午夜领主都惊住了，其在伊斯特凡五号上的表现让赛维塔认为罗夏是他的影子或者说另一面并在萨拉马斯远征后期将其提拔为夜蝠议会的成员）
用一句话做总结“叛变军团有战士忠于他们对帝皇的誓言，就如同忠诚军团有战士因各种原因成为叛徒一样”