八神太一、石田大和、武之内素娜、城户丈、泉光子郎、太刀川美美、高石武、八神嘉儿这八位小朋友，在夏令营中受到召唤而到进入数码世界进行冒险。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水,美国则遇到有史以来最寒冷的夏天，日本则突降大雪。
11岁的少年八神太一和他的六个朋友一起参加了夏令营，却奇怪的被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。这些孩子被认为是数字世界的未来，他们与数码宝贝们一起要解开控制这个可怕的数码世界之谜。当他们踏上这个伟大的征程时，因特网成了他们的战场……