黑神话悟空剧情引发了不少争议，游科在立项之初，就取名黑神话，本作和《斗战神》一脉相承，延续了一些设定。但绝对不是《西游记》原著的故事，玩家可以理解为西游记二创作品。黑神话剧情分析“人，永远是孽海情天的囚徒！”理解这句话，有助于帮玩家理解游戏的剧情，不再执着于孙悟空到底是好是坏，天庭是正派还是反派，二郎神到底是哪头的？这类非黑即白的问题。
《西游记》也好，《黑神话》也罢，对诸天神佛、混世妖王的描述中，从来都不是只有神格化的一面，都有人性的弱点。有人性，就有欲望，有欲望，就有痛苦！即便是佛法无边的如来，在《西游记》原著中也有明显的个人情绪，在镇压孙悟空时，言语间嬉笑怒骂皆有，并非人们想象中的高高在上、庄严肃穆。
所以，黑神话的剧情是建立在人欲和人性的前提下，讲述的是一个关于反抗的故事。与猴子大打出手的杨戬不一定是坏人，处处指点你的老猴子不一定是好人。如果抛开所有的隐线，我们单从《黑神话》中能获取的剧情是：孙悟空和牛魔王是下界妖王，实力非常强大，在天庭眼中是不稳定因素，两大妖王携手打上天宫，后孙悟空被天庭招安。成佛作祖的代价是带上金箍，踏上取经路，期间三打白骨精（游戏中白骨精是孙悟空的爱人），也就是玩家看到的杀妻证道争议剧情。取经回来，在天庭日子久了，猴子耐不住性子，向往自由想重回花果山。结合结局剧情，这一次是孙悟空和二郎神联手做局，骗过了天庭。孙悟空再度反出，却被强势镇压。杨戬亲手处决了猴子，孙悟空陨落，六根器散落下界，被杨戬分给参与围剿大圣的五大妖王保管。其中最重要的根器——“意”根被杨戬保留在第三只眼中。天命人，也就是游戏中的主角吗喽，使命就是集齐六根器，复活大圣。在一路的打打杀杀中，事情远不是想象的那么简单。天命人，或者更确切地说是工具人，只是棋局中的一个棋子。从剧情推断，不止一个猴子曾走上这条复活大圣的冒险之路。一路打打杀杀，最终集齐全套大圣装备，收集了五根。触发结局，已知只有两个结局。一：被老猴子劝说，带上金箍，复活大圣失败，大圣的谋划到头来只是一场空；二：不带金箍，杀进梅见峰，打二郎神，最终击败二郎神，获得二郎神保管的最重要的根器——意。继承大圣意志，天命人成为真正的大圣，二郎神完成嘱托，孙悟空也终于摆脱金箍。
在黑神话中，是解构天庭，把天庭放在对立面去展开的故事。
猪八戒和紫蛛儿：天蓬元帅撞破天帝和太阴星君的私情，被贬为下界猪妖，在天庭时曾与蜘蛛精前身——七仙女中的七妹相识，后七妹在盘丝岭成为蜘蛛精，猪八戒与紫蛛儿发生一段情缘。猪八戒被招安，取经路上灭了盘丝洞，留下紫蛛儿独活。后紫蛛儿为猪八戒诞下一女，拿了百目魔君的根器，在取经路上等待八戒。天命人再次西行，紫蛛儿无法对八戒下手，导致根器被百目所夺，最终死去，清醒后的猪八戒不敢上前相认，独自离开。
牛魔王与铁扇公主：牛魔王也是保管根器的妖王之一，用胃藏着根器，导致多年来无法正常进食，形容枯槁、垂垂老矣。铁扇公主饮下子母河水，诞下红孩儿，生产时牛魔王并不在身边，而是火焰山土地帮忙，很多玩家误以为牛魔王被绿，实则不然，红孩儿本是夜叉国王子的灵魂，夜叉国被灵山屠戮殆尽，铁扇公主的师傅太上老君用子母河水让铁扇公主借腹生子，夜叉王子的神魂通过铁扇公主成为红孩儿。牛魔王以为铁扇公主不忠，于是娶了玉面狐狸，并生下小狐狸——萍萍。红孩儿知晓一切之后，想要夺取牛魔王的根器，杀上灵山复仇，但是不敌天命人，红孩儿借闭气符假死拿走根器，后来成了夜叉王。想来老牛也是命苦，首鼠两端，帮助天庭隐瞒真相，身藏根器不想炼化也不敢给出去，最终一家惨死。
不看隐线，《黑神话》的世界观是不全的，只看表面的剧情，或许老猴子说得对，孙悟空六根不净。“空有天赋，不思进取，小富即安，沉迷享乐，想安逸又想名利，想快意江湖又想成佛作祖，哪有这样的好事？身本多忧，怎可全求？”借用西游记原著的一首诗，就是“争名夺利几时休？早起迟眠不自由！骑着驴骡思骏马，官居宰相望王侯。”，欲海无边，大圣也是欲望的奴隶。
真的是这样吗？显然不是，这样的设定无法解释剧情争议，难以补全世界观。
争议1：孙悟空为何杀白骨精，只有对妻子下手才能证道成佛？这样的佛有何意义？
争议2：当了几天佛就觉得天庭规矩繁冗，仅一个不自由就想回到花果山当大王？
争议3：被分尸陨落，闹了一大圈，仅仅只为了除去头上金箍？