游戏开场，孙悟空借与二郎神杨戬打斗，将自己兵解，散六根，记忆封存于杨戬的第三只眼中，部分本源意识形成石卵，藏于花果山。
游戏主角天命人，就是悟空六根中的意根所化的新石猴，但是失去了悟空的记忆。
整个游戏的过程，就是找回其余五根，寻找机缘打破宿命重生。
如果，没有触发二郎神杨戬的梅山隐藏地图，意根不会觉醒，记忆也不会恢复。
第六回最后，天命人进入石卵，接受大圣的最终考验。打败最终BOSS大圣残躯之后，会被灵山卧底老猴子（观音？）（戴佛珠，脑后丝带形成一个圈，佛头光的象征），重新戴上金箍，继续轮回，重生失败（结局一，坏结局）。
如果，完成每个章节的隐藏地图，并获得对应的奖励。进入小西天浮屠塔壁画的房间，弥勒会为玩家开启二郎神杨戬的梅山隐藏地图（关键主线），需要在二郎神杨戬的法天象地中，与四大天王以及二郎神的法相战斗。
获胜后，意根觉醒，二郎神杨戬会将第三只眼中悟空的记忆还给天命人（此时记忆并未解封）。
完成梅山隐藏地图后，再去打最终BOSS，会迎来第二结局。
大圣残躯将天命人找到的五根拿走，进行净化（毕竟在妖怪手里那么久了）。
在天命人击败自己残躯之后（考验通过），净化后的五根以及所有残存的本源意识归还给天命人，最终只剩下一个不属于悟空的金箍。
天命人（悟空）六根归一，记忆解封，面对老猴子手上的金箍，没有选择再次戴上。
最终的结局动画，是描述记忆解封的过程，从兵解（梅山隐藏地图中杨戬归还悟空记忆和最终结局动画开场，都有那一句：睁开你的狗眼，我这就摘下来给你看！）、假摘金箍、封斗战胜佛往回倒叙，倒走西游路。
直到七大圣喝酒，全新重塑的悟空已经完全觉醒（其余六大圣为虚影，实际上只有悟空一个人）。
最终镜头悟空转身的背景，水帘洞中满地刀兵，是对应着开场悟空说，你杀我猴子猴孙（悟空要报仇了）。
第二结局（好结局）的结尾，就是全新的重获自由的悟空只身杀上凌霄宝殿，准备再次大闹天宫。
从现有的资源文件分析，当前版本没有后续内容了，只能期待DLC更新，或者《黑神话：悟空2（天宫篇）》。