海祇岛和清籁岛共有16个雷灵，分布在两个岛屿的不同位置。
海祇岛上的雷灵位置如下：
第一个位置在起点的下面。
第二个位置未具体说明，但提到了需要完成前置解谜才能触发的地底雷灵，位于山洞里面，最终会停留在雷种子上方。
第三个位置需要通过调整机关，解锁后获得一个普通箱子。
清籁岛上的雷灵位置分布较广，具体为：
清籁岛上方部分，包括地底的那一个雷灵，需要完成前置解谜才能碰到，位于山洞里面。
清籁岛中部，仅有两个雷灵，位置明显。
清籁岛右下角，右手侧的雷灵需要通过一个雷传送门去追赶。