起初的海祇岛方面和稻妻幕府之间就因为信仰问题，一直存在各种矛盾，时不时会产生摩擦。在雷电将军受愚人众诱导颁布眼狩令后，稻妻内部局势逐渐紧张，又一次内战的倾向开始出现。
眼狩令颁布一段时间后，海祇岛的一批极端分子在愚人众间谍内森的怂恿下，攻击了镇守八酝岛祟神封印的幕府军士兵，并破坏了封印。祟神的力量改变了八酝岛的环境，此举造成大量平民流离失所，居民不断死亡，绯木村村长鹫津最终也变得疯癫。反抗军趁机占领八酝岛，又一次稻妻内战正式爆发。直到旅行者修复了封印以后，灾难才逐渐停止。（世界任务《远吕羽氏遗事》）
八酝岛的灾难导致晶化骨髓矿洞逐渐停摆，踏鞴砂的炉心只能停工。在反抗军和愚人众的共同持续攻击骚扰下，炉心又一次出现了致命故障，幕府方面只能让负责炉心的枫丹工程师泽维尔等人暂时封闭炉心。在后续世界任务《踏鞴物语》中，旅行者帮助泽维尔成功修复了炉心，并且阻止了愚人众对炉心的进一步破坏。
但是尽管如此，由于幕府军方面的将领为九条裟罗，珊瑚宫军不仅没有取得优势，反而被打的节节败退。愚人众见形势对珊瑚宫军不利、无法形成持久战局面，一面让天领奉行对雷电将军瞒报战况，另一面又让勘定奉行向海祇岛输送物资。勘定奉行同时也不断搜集晶化骨髓并提供给愚人众。无法确定愚人众何时在稻妻建立了邪眼工厂，但是愚人众向反抗军提供邪眼的行为是在旅行者加入反抗军，幕府军加大进攻规模以后开始的，目的当然还是为了大幅暂缓战争进度。
女士在这一系列事件中必然承担主要责任。与各奉行家主的联络就是女士进行了，邪眼工厂也是女士计划的一部分。毫无疑问，在旅行者到来之前，稻妻内战的局势始终掌握在女士手中。她不顾散兵劝告，嚣张地前往天守阁的行为并不奇怪，因为稻妻一团糟的局势正是她的底牌，她正是想利用魔神爱人的天性，以此威胁雷电将军交出神之心。
不管是哪一代仆人，都参与了女士计划中的情报收集工作。佩露薇利接手了前代仆人的绝大部分工作（除了博士的人体实验），自然包括让壁炉之家对稻妻进行间谍渗透的任务。
至于散兵，丑角交给他的任务同样是夺取神之心，但是后续是带神之心前往须弥完成造神计划。这个计划，女士当然是不知道的。如果女士成功获取了神之心，会立刻返回至冬，散兵的盘算就会立刻破产。正如纳西妲与博士谈判时所说，散兵成神就是对冰之女皇的亵渎。所以，哪怕散兵知道雷神之心的位置，他也没有通知女士，而是选择在正确的时间出现在了正确的位置，直接与八重神子交易，带走了神之心和黑锅。目前没有任何文本证明散兵参与了愚人众对稻妻内战的操纵。他为什么要协助一个对自己成神不利的计划呢？