3DS口袋妖怪起源蓝宝石的存档删除方法如下：打开游戏，进入主界面。不进入选择菜单时，同时按方向键、X键和B键。按下按钮后，将出现一个提示页面。选择“是”进入下一步。最后，系统会再次提示您是否需要删除存档，然后再次选择“是”就可以了。