莆田站站房建筑面积为38990.8平方米，整体建筑高度43.8米，建筑主体地上两层、局部四层，地下一层，线侧平及高架候车室 ，站台总规模为3台7线，长度均为450米。
截至2010年4月，莆田站拥有3台10线，设到发线10条，基本站台一座和中间站台2座，途经莆田站的线路有杭深铁路福厦段和永莆铁路。2023年9月28日，随着福厦高铁的开通，莆田站新站房投入使用，站台规模增至6台17线。