此贴基于匹诺康尼主线、支线、官方视频和动态已发布的内容，按故事线的时间顺序进行整理。通过故事线，可以了解游戏内剧情、角色语音等设定的原因。
由于会涉及到流萤、开拓者以外的其它游戏内角色，以及需要一定的想象力才能构建故事，请在阅读此贴前尊重以下几点基础设定，不然后续讲解会很难理解：
1.游戏内会出现大量“同素异形体”。也就是说，你可以通过其他角色的部分人生轨迹推敲出流萤和开拓者的联系。这对于游戏本身来说其实是一件好事，相当于不需要玩家去游戏外找故事原型，也能了解人物。游戏内的人物也根据“同素异形体”影响自己的决策（这点非常重要，能解释萨姆停止向黄泉攻击）。

2.关于开拓者
根据2.0主线，黄泉初次见面所说的“刚才仿佛有成百上千的你做出不同的回答”；2.2过场，刃口中所说的“他们”。
可以推测构成开拓者的“灵魂”星核，具有多个意志，代表了各地的玩家对剧情推进的不同反应。
3.关于流萤
和开拓者同为基因改造人。根据游戏内“差分宇宙”提到的职业“熔火骑士”，这类改造人在接触装甲后，装甲会被绑定在身上不可脱离。长时间处于脱离装甲的状态，会导致驾驶员发生“失熵症”。
流萤所连接的火萤四型装甲，设计灵感为萤火虫，和灵长类生物相比，生命力顽强但神经系统不够高级。意味着驾驶员更抗揍、能通过装甲修复躯体，然而记忆功能非常容易损毁。这是主线剧情未能明说的一点设定——流萤除了面对失熵，还要面对失忆造成的人格重塑等精神方面的困扰。

4.关于两人的关系
无论开拓者的意志如何，流萤会始终忠于彼此的关系，这一点不用担心。
卡芙卡是流萤在世界上认识到的第一个人，对流萤有救命之恩；卡芙卡对流萤有意识的疏远，只能让流萤选择和主角接触。加上第3点提到的“失忆”，流萤要在卡芙卡和开拓者这段关系中，才能证明自己是“流萤”的存在。对应人物见面语音“嗨，又见面了（卡芙卡入队语音）...我的意思是，很高兴见到你”。