正德十六年三月，武宗朱厚照崩，慈寿张太后和大学士杨廷和商议后迎兴王朱厚熜入京继位，改元嘉靖。嘉靖二年武宗神主升祔太庙，仁祖朱五四被祧，太庙确实已满。至此，终于拉开了明世宗朱厚熜与大臣们斗智斗勇的序幕。第一步：大礼仪之争，成功为自己争取到了“叫爸爸”的机会明世宗朱厚熜乃是明宪宗朱见深之孙，兴献王朱祐杬之子，也就是明孝宗朱佑樘的侄子，明武宗朱厚照的堂弟。由于明武宗朱厚照无子，这才得以继位为帝。然而，朱厚熜却是个极为孝顺的孩子，为了将父亲神主升祔太庙，这位皇帝竟然与大臣争斗了长达二十四年。而他的第一步，便是为父亲正名。杨廷和：你不能把你爹叫爹第一回合：朱厚熜和张璁败北。第二回合：双方打了个平手。第三回合：朱厚熜和张璁获胜。经过长达三年的激烈斗争，明世宗朱厚熜最终成功为自己争取到了叫“爸爸”的机会，为父亲正名。然而，内阁首辅杨廷和被罢免（后削为民），廷杖直接打死17人，也成为了明朝icon中后期君臣关系恶化的开端。
第二步：推动庙制改革，为太祖朱元璋正位的同时为父亲腾出位置朱厚熜：我必须让我爹进太庙嘉靖四年，升任光禄寺丞的何渊为了表忠心，向皇帝上书请求立世室，崇祀皇考于太庙。意思是说可以为献皇帝立世室，直接位列在始祖之下，百世不祧。明世宗虽然为这个建议欣喜万分，但却遭到了满朝文武的一致反对，就连曾经支持他的张璁、桂萼、席书等人也站到了对立面。眼看没人支持自己，于是君臣各退一步，嘉靖四年，在太庙外的环碧殿旧址上兴建献帝庙，取名“世庙”，并下令修《献皇帝实录》。
虽然让父亲进入太庙困难重重，但朱厚熜并未就此放弃，于是便又准备先从太庙中腾出一个位置来。于是在嘉靖十年正月，“帝以庙祀更定，告于太庙、世庙并祧庙三主。迁德祖神主于祧庙，奉安太祖神主于寝殿正中，遂以序进迁七宗神位。”（《明史》）他将德祖朱百六的神主迁入了祧庙，从而将太祖朱元璋的神主摆在了正位，此举虽然看似为太祖朱元璋正位，实际上却是在为父亲升祔太庙做准备，此举过后，太庙中的神主实际上只剩下了八位。因此，说朱厚熜为了将父亲神主摆进太庙而将朱棣的庙号从“太宗”改为“成祖”是不对的，因为此时太庙中已经空出了一个位置。紧接着朱厚熜又开始推动庙制改革，即恢复到都宫别殿制，虽然此举因大臣反对一度搁置。但嘉靖十三年，南京太庙毁于火灾，这又给他提供了机会，他先是下令不再修建南京太庙，进而下令在北京营建新的太庙，这下大臣们无话可说，于是朱厚熜钦定庙制：太祖庙居中，太宗居左，立文祖世室，太宗之下另立三昭庙；太祖之右为三穆庙，并在太祖庙寝后建祧庙，以奉祧主。朱厚熜实际上已经为父亲腾出了一个位置如此一来，每个皇帝都单独有一庙，世宗他爹献帝那个单独的世庙就显得不突兀了。之后，他又以避讳朱棣的“世室”为由，下诏改世庙为献皇帝庙，又以以避渠道为借口，把献皇帝庙迁居新址，距离太庙更近。
第三步：朱祐杬升祔太庙，朱棣差点因此而断绝祭祀，这是朱棣真正成祖的由来。嘉靖十七年四月，已经致仕的扬州府同知丰坊上书，投其所好的请求“复古礼，建明堂。加尊皇考献皇帝庙号称宗，以配上帝。”明堂和郊祀乃是古代极为重要的两个祭祀活动，郊祀是祭老祖宗朱元璋的，而明堂祭祀按周礼则是祭祀太宗的。明世宗一听，这个主意好啊，于是便也要求为自己的父亲上庙号，并且享用明堂祭祀。朝廷顿时一片哗然，心想皇帝你也不能太过分吧，明世宗于是便去问严嵩，严嵩则成了墙头草，他表示明堂乃是祭祀太宗的，不过祭祀自己父亲似乎也没问题。朱厚熜没能等来明确支持自己的大臣，反而等来了坚决反对的，户部侍郎唐胄明确表示放着周礼不学，跑去学什么汉唐宋乱七八糟的东西。唐胄这一招把明世宗气的不轻，不仅将唐胄下了大牢，还亲自写了一篇《明堂或问》，表示自己决心已定。经过长期斗争，嘉靖于同年九月，为自己的父亲追尊庙号为“睿宗”，不过此时的睿宗还不能享受单间待遇，而是和明孝宗朱佑樘同庙异室。可是如此一来，明太宗朱棣岂不是永远没有在祭祀中露脸的机会了？朱棣毕竟是朱厚熜这一世系的，如果没了他，那么明朝的皇帝就应该是建文帝朱允炆这一世系。于是，嘉靖便在《明堂或问》中明确表示，朱棣功兼创守、再造社稷，应该也称祖，不仅在太庙中“万世不祧”，还应该和太祖朱元璋一起，二祖并列享受郊祀，于是明太宗就变成了明成祖。后来太庙又经历大火重建，重新排位等等，历经二十四年，最终成功把自己老爹抬进了太庙。
嘉靖二十七年，嘉靖怕他死后群臣反攻把老爹的牌位移出太庙，他还没死呢就先把明仁宗的排位迁走了（太不要脸），把方皇后的排位先放上去占个位置（太庙牌位是一帝一后），好待自己死后不会顶替老爹的位置。
最终嘉靖死后成功进了太庙，但是刚上位的明穆宗一看老爹干的这些糊涂事，直接就把爷爷的牌位迁出了太庙，嘉靖干了一辈子的事算是白干了！