叶文洁是知道智子的。他女儿自杀不仅仅是因为物理被锁死了，还因为她发现了她母亲的真实身份。剧版三体交代过叶文洁发现eto的文件被恢复了，书里有没有交代我就记不清楚了。

杨冬自杀可不单纯是因为这个。第三部开头和绿眼镜的对话那一段所表达的才是根本和直接的原因

好像叶文洁说过，杨冬的世界有两个部分，物理和亲情，物理学的部分，随着智子的捣蛋而崩塌了。
于是她准备放下，准备好好过日子，过好亲人的那部分，她都准备和丁仪结婚生娃了都。。
然后她发现了她妈叶文洁的电脑文件，知晓了叶文洁的人类反叛者身份，甚至于可能知道她爸还是被她妈搞死的。。。
于是她亲情的部分也崩塌了。
至于根据第三部里的某些细节，推测她甚至可能推测到了整个宇宙不断降维终归寂灭的真相，
于是她连存在意义这玩意儿也跟着崩塌了。
不然她的遗言里也不会在物理学不存在了，这一句后面还强调了一句：物理学从来就没有存在过。

区别就在于“物理学不存在了”和“物理学从来没有存在过”这两句话。叶文洁知道智子的存在和作用，她与罗辑的对话很有可能同时启发了两个文明的黑暗深林思想，她的女儿想的更深，并问出了“大自然真的自然吗”这句三体3的核心，想透了大自然甚至是三维宇宙本身都不过是拥挤的宇宙间高等文明的玩物，这才说出物理学从来都没存在过。所以杨冬的紫砂和智子干扰关系不大