武汉新城快线、台州市郊铁路、萧甬铁路城际列车，这三条地方出钱开行的列车与国铁列车共线运行，都无法12306购票，导致知道的人少。武汉新城快线和台州市郊铁路比同一条铁路的国铁车次客流还少，萧甬铁路市郊列车客流还行但车次数很少。严重怀疑是不是国铁担心地方列车影响国铁列车的客流，所以故意不让上12306售票。
与此相对的，只开行或以开行城际列车主导的线路，由于基本不会影响国铁列车客流，国铁让上12306售票，比如长株潭城际、广清城际、北京市郊铁路（除S2线外）。当然也有上海金山线、北京S2线这样不在12306售票的。