游戏开始，你将从卡鲁穆/莎莉娜中选择一个角色进行游戏，而另一位将会成为你的好朋友。主角是生于朝香镇的一个年轻人，来到密阿雷市闯荡。在咖啡馆和莎莉娜/卡鲁穆会和，从哈力栗、火狐狸、呱呱泡蛙中选出一只成为冒险的搭档。这时莎莉娜/卡鲁穆会告诉你们接到了布拉塔诺博士的任务，希望你们能偷出闪焰队科学家库瑟洛斯奇藏在密阿雷市闪焰大厦的最终兵器。
在博士的两位助手德克希欧和吉娜帮助下，主角和莎莉娜/卡鲁穆找到了位于闪焰大厦顶层套房的秘密保险柜，伪装成宝可梦交易商潜入了闪焰大厦，却不料在成功潜入库瑟洛斯奇的客房偷到最终兵器之时，突发变故，库瑟洛斯奇突然回房，闪焰大厦进入全面戒备，二人只得躲藏在套房客厅的巨大荧幕后静观其变。
原来是闪焰队首领弗拉达利突然到访，他发现了库瑟洛斯奇拿走了最终兵器，弗拉达利便大声斥责库瑟洛斯奇不该背叛自己，而库瑟洛斯奇在弗拉达利的斥责中怒火中烧，亲手掐死了他。弗拉达利断气之后，闪焰大厦监测到了弗拉达利生命体征消失，随即联络吉利蛋救助小组，大厦也随之封闭，库瑟洛斯奇谎称是有人用宝可梦毒死了弗拉达利，本以为一切神不知鬼不觉，殊不知自己做的一切全被荧幕后的主角二人看在眼里，二人只能在闪焰队的追捕下开始逃亡。
两个人在逃亡过程中，卡鲁穆/莎莉娜不幸被宝可梦招式击中身亡，而主角也身受重伤昏迷，这时偷来的最终兵器认为主角是合适载体，和主角合一开始帮助主角恢复，主角醒来后发现眼前出现了幻象，幻象说他是三千年前卡洛斯地区的国王AZ。在3000年前卡洛斯的战争中，AZ失去了自己心爱的花叶蒂，而发明了最终兵器以求将其复活。虽然花叶蒂成功回到世上，但是被悲伤吞噬的AZ转而执念于向战争的双方复仇，用最终兵器毁灭了一切，而AZ的意识也被困在了最终兵器里。在和AZ交流后，主角发现最终兵器并不只会救助自己，还会慢慢的把自己的大脑和意识清除，用AZ的意识来代替，从此主角展开了一场自救。
此后主角在AZ的帮助下，在密阿雷市四处探索，调查闪焰队，获得mega石，还成功见到了AZ的花叶蒂，最后得知了能救自己的唯一方式，就是隐藏在密阿雷市棱镜塔顶部的基格尔德……