九号电动车M85C充电只能到99％的问题可能有多种原因，但根据您的描述和情况，以下是一些可能的解决方案：
1. 更换计量模块。因为您已经更换了电池和控制器，并且设置了不同的电池容量，所以可能需要更换与新的电池容量匹配的计量模块以确保准确的电量显示和充电保护功能。九号电动车的计量模块通常可以通过官方渠道或专业维修店进行购买和更换。
2. 重新设置电池容量和校准电池。您可以尝试重新设置电池容量并校准电池以解决电量不准确的问题。具体方法可以参考九号电动车的用户手册或联系官方客服进行咨询。在重新设置之前，请确保已经将旧的电池容量信息完全清除，并使用正确的工具和步骤进行设置和校准。
3. 检查充电桩是否有问题。如果小区充电桩存在问题，可能会导致无法正常充满电或过早停止充电的情况。您可以尝试使用其他可靠的充电桩进行测试以排除此问题。同时建议向小区物业反馈该问题以获得更好的解决方案。
4. 联系官方售后服务中心进行检测和维修。如果您无法通过以上方法解决问题，建议您将车辆送至九号电动车的官方售后服务中心进行检测和维修。他们可以对您的车辆进行全面的检测并提供专业的解决方案和服务支持。
需要注意的是在任何情况下请不要随意拆卸和修理电动自行车以避免安全风险和个人伤害如果需要拆卸和维修请将车辆交给专业人员处理。

最后的1%要冲很久很久慢慢等。