口袋妖怪究极绿宝石5.5沉船攻略如下：1. 选一只草系御三家的精灵，建议选择嗡蝠进化型，因为黑暗洛奇亚需要飞行系的精灵。2. 前往水静市的究极之洞，和博士的秘书对话，触发剧情。3. 从水静市右上角的港口进入海洋，和一个船长对话后，触发剧情。4. 进入深海区域，使用潜水术。在深海区域中，可以遇到野生的黑暗洛奇亚。5. 捕捉黑暗洛奇亚时，需要使用草系精灵。捕捉到黑暗洛奇亚后，需要把它升级到40级以上，并且学会原始力量。6. 然后返回究极洞口，前往究极洞穴。在究极洞穴中，需要使用怪力术和推石头。7. 进入究极迷宫后，需要前往最左边的洞。在究极迷宫中，需要使用火焰车来通过岩柱。8. 然后来到究极大都会，触发剧情。和究极之洞NPC对话后，就可以选择一只精灵。9. 最后在绿岭市沉船中领取银色飞船，就可以成功地挑战这个究极绿宝石5.5二周目的剧情了。以上攻略仅供参考，如遇到问题可以请教资深玩家。