日本动画《魔法少女小圆》获得的奖项中，获得难度系数和含金量最高的应该是“第3届日本文化厅媒体艺术祭最佳电视动画片奖”。这个奖项是由专业评审团评选出来的，对于一部动画作品的制作质量、故事情节、人物塑造等方面都有很高的要求。而《魔法少女小圆》在各个方面都表现出了非常高的水准，因此获得了这一殊荣。《魔法少女小圆》的获奖也证明了其在动漫领域的优秀水平和影响力。除此之外，《魔法少女小圆》还曾获得过其他一些重要的奖项，比如“东京国际动画博览会观众票选部门最佳作品奖”等。这些奖项虽然也很重要，但是相较于“第三届日本文化厅媒体艺术祭最佳电视动画片奖”，其难易程度和含金量还是稍逊一筹。综上所述，“第三届日本文化厅媒体艺术祭最佳电视动画片奖”是《魔法少女小圆》所获得的奖项中的最高荣誉之一，也是最具挑战性和含金量的一个。