《秘密教学》各人物结局如下：* **主角和佐藤美弥在一起了** 。佐藤美弥多次表达了对主角的爱慕之情，而主角在这份爱情面前也欣然接受^[2]^。* **小野寺琉璃子没有找到合适的归宿** ，她最后只能选择默默等待，但具体如何发展故事中并没有明确说明。只有一部分支持她的学生愿意站在她身边，帮她照顾学校和琉璃子的书店^[4]^。* 龙一恢复了记忆后对自己的行为深感懊悔并有了新的觉悟，最终在废墟上孤独地忏悔；风见大二成功地说服了龙一，成为了朋友并在他死后默哀一分钟。同时私立乌鸦学园遭遇到了灭顶之灾，大部分建筑物被地震毁坏^[3]^。此外，《秘密教学》漫画更新到第5话11页为止，最后一章的主线剧情已经结束，后续主要以感情线和外传为主^[4]^。