很抱歉，我无法直接回答江苏科技大学张家港校区电瓶车地下室是否会漏水的问题。这需要具体了解该地下室的建造和维护情况。一般来说，如果地下室建造时采用了防水的建筑材料和施工工艺，并且维护得当，那么在下雨天停放电瓶车应该是安全的。建议您向江苏科技大学张家港校区的相关部门或物业公司咨询有关地下室的使用和注意事项，他们应该能够为您提供更准确的答案。同时，也可以向其他同学或员工了解他们的经验和建议。