口袋妖怪中，神奇糖果和自然升级有一些区别。1. 神奇糖果是一种道具，可以让口袋妖怪直接提升等级。使用后会使PM升至下一级，但不会改变其基础点数（即能力值）。而自然升级需要战斗获得经验值才能使PM升级。2. 使用神奇糖果可能会导致某些性格、特性的调整或影响其他游戏元素如技能学习等。如果玩家想要在特定时间进行升级或者避免特定的遗传变化，可能会选择使用神奇糖果而不是自然升级。