真科研的大证FA、SA和SS有以下区别：1. FA是真科研的“极光天女”级别的证书，主要对珍珠的形状、大小、光泽、伴色、瑕疵程度等进行打分评级，是珍珠品质的综合体现。2. SA是“最强光泽”等级的证书，检测项目内容与SS型证书一致，区别在于瑕疵等级。3. SS是“最高品质”级别的专用证书，花珠、彩凛、茶金、维纳斯等等，都使用这一类型证书。建议咨询真科研机构以获取更详细的信息。