柯南极有可能是日本警视厅制作出来用于破案的人工智能ai，为了完成ai的成长建造了电脑空间内的虚拟都市米花，并将各种案件模拟到ai都市米花市让柯南ai进行自我破解与深度学习。但是随着ai的不断成长，普通案件已经无法满足ai深度学习的需求了，所以又制造了势均力敌的怪盗基德ai来进行互相对战，类似阿尔法狗左右互搏自我学习一样的原理。由于怪盗基德ai是从原型柯南ai复制出来的，所以长得一模一样，甚至女友也长得几乎一样，为了避免虚拟世界出现bug，所以现实中的日本警视厅更改了柯南的虚拟形象变成了现在小孩的样子。所以实际上黑衣组织就是现实中虚拟都市的管理员，他们除掉的都是虚拟世界会带来潜在bug的npc，包括逃离系统管理员岗位的id为灰原的独立黑客也是需要ban掉的目标。而柯南读了20年以上小学也得到了解释，因为这个虚拟世界就是这么设定的。而阿笠博士的神奇道具也得到了解释，在虚拟世界造个橙色装备也就一行代码的事情。最后结局很有可能是ai柯南与黑客灰原共同消灭虚拟都市米花的主控服务器完结了这个罪恶都市，并通过防火墙隔绝了管理员部门黑衣组织的网络访问权限。黑客灰原把所有米花npc迁移到了新的服务器天堂去，各个npc过起了幸福的生活！