接上回说到，此时重生的幽灵行者居然意外产生了自主意识，并丧失了之前的记忆。但缔造者仍然可以依靠网络与他通讯，登天团一名为佐伊的成员也能与其通讯，他们两人把之前的事情述说了一遍，都对杰克说要消灭玛拉，只有他有这样的能力，就这样，从深渊中苏醒的杰克踏上了复仇之路

但他在与缔造者和佐伊的对话中，想起了自己以前的同时，也产生了自主感情，缔造者一直把他当作工具想恢复自己独裁统治的事实最终也被看穿，杀死玛拉完成复仇后，杰克进行了反抗并在网络空间中彻底将缔造者杀死，自己却也因为网络空间的丧失而失去意识，舍其小我拯救大我，给达摩塔内的人们带来了和平

整体剧情中，杰克不停地攀登Dharma高塔击杀塔内玛拉的手下，冒着生命危险击破一次又一次强敌——人类经历末世灾难后最后的避难所。从最底层一直登上顶层，对抗暴君“Keymaster”，也就是密钥师，并且在中途杀死了赫尔计划重启的无意识赫尔（不知道为什么，有点″自己杀自己″的味道）
有人提出疑问过，杰克到最后死了吗？我个人觉得杰克应该没死，应该只是被删除了系统，因为在最后的剧情里面杰克的屏幕前有着许多人影在晃动，可能是登天团的人找到了杰克，既然找到了后续应该会把杰克修好的吧

以第一人称的视角扮演一个装着高科技义肢，手提武士刀的超级忍者，在城市中飞檐走壁，以一己之力扫清一切障碍，在这个科技高速发展暗流涌动的世界里，玩家扮演的杰克唯独对冷兵器（不论是不是出于自愿）情有独钟，多少也有点儿怀旧浪漫主义色彩，不知道何时若有若无的悲壮英雄主义情节就这样被渲染出来了
一个产生自我意识的冷酷杀人机器，完成任务后却受到背叛，最终一怒而杀死利用他的创造者........杰克的故事是那么孤独又悲壮
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