个人梳理，如有异议可友善讨论
方舟时间线:
几万年前（或十几万）
能源缺乏，但发现了来自外星球的能量元素，为了争夺资源，地球联合国，地球联邦两派元素战争爆发。腐化形成，两派停火，分别创立“方舟计划”“创世计划”，方舟计划是在地球上空建造无数空间站，腐化清除回落地球，重建文明
创世计划是“创世纪”号飞船在星际之间跃迁寻找合适的新家园殖民，两个计划同时开展，部分人类意识飞升为“神人”用于方舟的运作，方舟大批量克隆曾经的各个时间段的人类用于实验，神人对其中的部分进行改良（海莲娜的超级思维，李美盈的单兵作战能力和驯兽技巧等）
几万或几千年前
海莲娜等人通关孤岛，焦土
畸变时间线:
戴安娜和圣地亚哥研制炸药炸毁监察者控制室导致方舟屏障破裂，形成畸变
（约几年后）地下传送门工程开始，李美盈来到畸变，初遇戴安娜。
几年（或几个月）左右 海莲娜，罗克韦尔来到畸变
几年（或几个月）圣地亚哥彻底黑掉方尖碑，罗克韦尔变异，李美盈和海莲娜联手击落入畸变深渊
几个月后 传送门工程完工，飞升灭绝，老罗取代畸变监察者
灭绝时间线
几个月时间，四台机甲原型机完工，力神机甲未合体，君王来袭，圣地亚哥，孝也和马战死，海莲娜将特殊神器插入植入体大脑过载，李美盈护送海莲娜进入“坟墓洞穴”海莲娜成神，李美盈血战泰坦
李美盈机甲燃料耗尽，被森林泰坦逼上绝路，戴安娜偶然间被成神的海莲娜复活。
两人一边逃跑一边修复机甲最终合体力神，戴安娜超负荷强行操控三台，成功击退君王泰坦
玩家线
几千或几万年后 神人海莲娜成功改造方舟系统，玩家可以复活，植入体加入印痕，储物能力，思维即将破碎，自称“等待者”等待玩家
通关孤岛，焦土，畸变，灭绝由海莲娜改造过的力神机甲，一个人就能驾驶，击杀君王后，腐化清除，方舟回落
海莲娜派玩家进入模拟系统，以自身人格为基础创造HLNA，此时畸变回落，老罗想成为新的腐化意识，控制地球，但不敌海莲娜改造过的无数无限复活的生存者，上飞船跑路，控制飞船。
玩家通关模拟系统于飞船醒来，击杀老罗，飞船爆炸，生态环分离，降落外星。
关于元素主宰，君王泰坦，罗克韦尔的关系:
君王泰坦设定:腐化高维度集体意识的三维投影，原文:这既是它的优势也是它的弱点，君王泰坦的作用是能让腐化更快的传播，但君王一旦被消灭，高维度的集体意识一并消灭，为共生关系，或者说君王就是腐化本身（不理解的举个例子，jojo里的替身，君王就是那个替身，能更快的腐化，但是君王一旦死了本体一并消灭）
补充:罗克韦尔是有自我意识的，不存在被腐化控制或被腐化驱使，或者说，它自己就已经成为了新的腐化意识，创世纪1的boss腐化主宰者是罗克韦尔在模拟系统中的虚拟影像，创世纪2和畸变的罗克韦尔是同一个本体，不存在畸变为肉身躯壳的说法
关于海莲娜和等待者，HLNA之间的关系:
等待者为成为神人后千万年的海莲娜，思维即将破裂，但比起神域里的前辈神人仍有自我意识。
HLNA是海莲娜用自己的人格为基础，以自己的一部分能量和灵魂创造的机器人，但拥有自我意识，刚创造出来时只是海莲娜人格的复制品，和玩家相处的时间里拥有了全新的人格，真正成为了一个独立的，新的“人”。