大巴车可以通过南京扬子江隧道，但需要遵守交通规则和限制。根据南京市交通管理局的规定，大型客车、货车、危险品车辆等需要在特定时间段内通过扬子江隧道，并需要预先申请通行证。同时，车辆需要符合相关的技术标准和安全要求，以确保隧道的安全通行。