南京奥体中心距离南京南站比南京站更近。从南京南站到南京奥体中心，乘坐地铁S1号线（南京南站方向），可以在2个站点（奥体东站和奥体中心站）到达；而从南京站到南京奥体中心，需要乘坐地铁1号线（迈皋桥方向）转乘地铁10号线（奥体中心方向），共需要乘坐3个站点。因此，从南京南站到南京奥体中心的距离更近。