双腔冻干机和单腔冻干机的区别在于双腔冻干机具有两个独立的冻干室，可以同时处理两个批次的样品，而单腔冻干机只有一个冻干室。此外，双腔冻干机可以实现交替运行和单独运行两个冻干室，提高了生产效率和运行灵活性。在某些情况下，由于大量冻干物料需要生产，双腔冻干机能够更好地满足生产需求。