以下为失眠后大脑皮层活跃的半夜脑补，不负责任。
从“银色子弹”开始，以下简略构建脉络。
银色子弹-吸血鬼-永生-人鱼岛-宫野志保。
所以黑衣组织的主要秘密可能非常俗套的关于永生。
灰原哀“对抗时间的洪流”、“惩罚”。那么可以默认灰原哀已经见过对抗时间洪流的惩罚。
综上，组织高层通过某种手段获取了永生，但是也经受着永生的惩罚。那么宫野夫妇最开始所授予的任务应该是研制出免于惩罚的药，但是宫野夫妇自己改成了终结永生的药——一种特殊的毒药。组织烧死了宫野夫妇并且接手培养宫野姐妹，拿银色子弹开始作为毒药使用。
基本可以判定银色子弹就是毒药，本身目的就是终结永生。
a药是宫野志保根据父母的材料复原的药品，可以明确知道的是组织不会告诉宫野志保她父母研制这个药物目的是终结永生，而是应该告诉她另外一个目的：免于惩罚。所以宫野志保在复原药品的时候基于这个目的进行了一定改进，成为现在的a药——可以使人变小的药品。a药的目的肯定不是毒药，它应该是目的帮助之前永生的人去减轻或者免于惩罚，所以a药未必是毒药，但是由于它是半成品所以本身可能致命。
问题是以下：灰原哀成为银色子弹之后要研制的是什么药？a药吗？肯定不是，是终结永生的银色子弹。所以灰原哀的立场应该非常明确：毒药，终结永生。这是宫野家族给宫野志保背负的使命。
所以第二个问题，贝尔摩德和宫野家族的关系：贝尔摩德应该是永生却受到惩罚的人，她曾经寄希望于宫野艾莲娜这个“天使”的拯救，没想到迎来的是银色子弹。所以她恨宫野一家。天使不曾垂怜于她，甚至宫野夫妇的死亡可能与她有关。
第三个问题，贝兰，毛利兰是贝尔摩德的专属天使是由此产生，她是那个垂怜她，不顾她凶手和杀人魔的身份救了她两次的人。无关“正义”与“邪恶”，她救她没有理由，这是和宫野艾莲娜最大的不同，毕竟宫野艾莲娜认为她应该去死。
第四个问题，贝哀对决，毛利兰站在哪一方？青山塑造毛利兰救贝尔摩德和拉窗帘真的是塑造毛利兰的优点过了界吗？或者毛利兰必须这么做？“工藤新一不会让任何人死”，是毛利兰的价值观，所以毛利兰站在贝尔摩德一方的可能性占70%。
第五个问题，“姐姐”的作用。毛利兰站在贝尔摩德一方对于灰原哀的影响是什么？青山必须加深兰哀联系才能让这一步足够的戏剧化。
第六个问题，柯南站在哪一方？“正义”或者“生命”？
最后小补充，黑衣组织寻求软件人才应该是想构建数字生命？或者利用软件改造人类。