对于很多看过大圣传的人来说，这本书实在难以理解，故事线繁杂，作者幽默的语言中暗藏的苦涩悲情无奈往往容易被缺乏理论学习的人忽略。我们来具体了解这个故事。
盘古开天辟地后，天地间产生两个强大生命，名为伏羲和女娲。伏羲和女娲又诞下诸多强大生命，他们自称为神。而后，这批神因为利益分配和思想观念问题，产生争执，要求他们的父母伏羲和女娲进行分配和论断。伏羲认为，天道即是强者操控弱者，你们这些神谁武力强大谁说了算。而女娲认为，所谓强弱并不永恒，一个生命会不断变化，此时力量弱的以后也可能变强。而强大与弱小不应该是简单的武力来判断。由此，神族分为两派，大部分武力强大的神站在伏羲这边，而数量更多，大部分武力更弱的神站在女娲这边。伏羲对女娲说，让他们自己斗争，哪边赢了，哪边就拥有话语权，不允许他们二人参与。女娲加了个条件，不允许死斗，若是败了投降便是。伏羲不悦，认为这样会限制他这边武力强大的神族的力量，便对女娲说，让他们可以死斗，但我们二人的力量完全可以帮他们进行治疗，若是不允许死斗发挥全力，那他这边必然吃亏。女娲便同意了。
一开始，伏羲自信自己这边很快必胜，自己这边神虽然数量少，但每个能顶的上对方十几个。一开始，女娲这边的神节节败退，一些神身受重伤，被女娲用法力治疗后依然无法很快进行下一次战斗，其他神面面相觑。女娲提醒他们要懂得团结和战术，用合适的方法和合适的人组合去对战更强大的敌人。女娲手下的这批神便懂得战术和团结，并研发出团队武器更好克制对方。反观伏羲哪边的神，大多暴戾自大，谁也不服谁，他们各自为战，竟有败势。
伏羲不希望女娲赢，不愿意以后真按女娲那套和平理论来。他认为那样下去，神族不会越来越强，只会越来越弱。伏羲以自己的法宝为奖励，努力奋战者，可得法宝。伏羲这边的神便开始奋力反击，甚至有一些神开始互相配合。
这场大招持续很久，最终却难分胜负。由于持续为受伤的神治疗，伏羲和女娲的法力都损失很多，二人商量着一个办法来解决问题。最终，二人达成协议，伏羲和他的神们住天界，女娲和她的神们住地界，天界资源更好，但资源稀少，地界资源一般，但资源丰富。众神们也是勉强同意。
众神之战多年后，女娲的地界在女娲的悉心照顾教导下极为繁荣。而伏羲的天界由于强大诸神不受约束，以强者为尊，期间甚至陨落了一些神，但伏羲认为这便是强者之道。由于天界缺乏神去劳动，资源越来越少，神之间的战争频发，神陨落的数量越来越多，伏羲开始意识到自己的错误，便同女娲进行交涉，表示自己同意女娲的思想路线。女娲对于伏羲能认错很感动，便让地界的神们继续认可伏羲为父亲。
伏羲回到天界，告诉众神们，自己打算打开天界和地界的通道，但众神必须在此之前接受女娲的思想教导，不允许继续互相弱肉强食。然而已经习惯了弱肉强食的神们，大多不愿意接受新思想，并且他们认为男神力量比女神力量强，他们的父亲伏羲向女娲认错是非常伤他们男性自尊的事，便不同意伏羲的要求。伏羲闻言，便打算好好教训这群不守他规律的神们。然而他并不知道，这群神常年战斗，加上他自己以前为他们疗伤用去大量法力，伏羲隐隐竟不敌这些神。伏羲最终战败被俘，而他培育出来的这批以强者为尊的思想的神们，决定吃了伏羲，以他的血肉精华来提升他们的力量。
伏羲死前，传音告诉女娲发生的事，告诉女娲，天界的神，自己已经控制不住了，让女娲把天界的入口封印好，不要让这些神们出来。女娲得到伏羲的死讯，连忙去封印天界入口，但天界入口已经被打开一些缝隙，女娲自己上去堵住入口，同时命地界的神找来填补材料。天界的神知道自己去地界的入口被女娲堵住。十分恼怒，各种法术打在女娲身上，女娲身受重伤，但凭着最后的力量，终于将天界入口彻底封住。
女娲回到地界后已是身受重伤，她知自己时日不多，便立了一个学自己思想学得最好的神为自己接班人。此神命为神农，他牛首人身，擅长耕种，并利用自己能反刍的能力尝尽诸多草药，确定无毒后，再一一用于试治病。
女娲死后，神农为地界神族首领，他继承和发展了女娲的公有制，让地界更为繁荣，地界神族数量越来越多。