只说我发现的, 我没发现的就没办法了. 因为我也没发现网上有什么权威的区别列表.
1.音画区别
首先就是音画上的, 机种平台不同, 所以当然会有区别.
2.林克的声音
然后是最容易发现的区别, gba的林克在挥剑时会"呀!呀!"地大喊, 而sfc的林克是个彻底的哑巴.
3.存档区别
存档系统不同, gba的存档后再读档, 可以从存档的位置继续游戏, 血量数据也是保存的.
sfc的存档后就不知道自己是从哪里下线的了, 再读档只能从几个固定的点开始游戏, 血量也是固定的, 无论下线前有多少血, 上线后都是恢复到同样的血量, 大约是最大血量的一半.
4.读档后开始点区别
读档后, 光明世界, sfc可以选择 家, 教堂, 山顶.
gba只能选择 存档点, 家, 教堂. 相比之下, 少了山顶这个开始点. 但是多了存档点这个开始点.
黑暗世界, sfc只能从金字塔开始, 而gba可以金字塔, 也可以存档点.
5.道具区别
通关后, gba比sfc多一个道具, 铲子, 可以挖地, 挖卢比. 而sfc在做完笛子任务后, 铲子就会被回收.
6.菜单区别
调道具的菜单不同, 下面这张图是sfc的道具菜单.

你可以看到, 所有道具是4行5列, 其中4个瓶子被叠在了一个格子上, 每次光标移动到瓶子上的时候会展开子菜单. 这样在调道具的时候其实很不方便,
下面这张图是gba版的道具菜单, 虽然道具没拿全, 凑合这看一下.

gba版进行了优化, 菜单变成了4行6列, 多了一列, 4个瓶子全部展开放, 多一个格子放铲子, 这样没有折叠菜单, 调道具的时候比sfc方便.
7.传送点区别
gba版玩到游戏后期是有第9个传送点的, 而sfc则没有.
在图中红圈的位置, 虽然我找的这张图上还没有显示出来, 但是它是确实存在的.

没有9号传送点, 去乌龟岩和加侬城堡都会不太方便.
8.冰迷宫区别
gba版对冰迷宫进行了一点点简化, 具体哪里我也说不太上来, 就是玩了的感觉.
好像是某个要从上层推个砖头下去, 压住下层开关的设计被取消了.
感觉这个设计确实有点过分复杂, 虽然也不是过不去就是了.
以上就是我发现的区别, 请大家补充.