书接上篇，黑化白子降临到夏莱办公室，正在老师惊愕之时，黑化白子缓缓道出自己的目的。她并没有被色彩所控制，恰恰相反，色彩正在被她所利用。色彩所做的只是将她的神秘反转成恐怖，让她的本质——死神阿努比斯降临到基沃托斯。作为她的职责，她现在要将基沃托斯的所有人渡去冥河的彼岸，这是在她尚未黑化前，在她作为砂狼白子来到基沃托斯时就已经注定的命运。她希望老师尽快离开基沃托斯，这样她就不必对老师举枪了。此时凛等人走进办公室，跟随着凛的绫音认出了黑化白子，白子对凛开枪后消失在办公室中，老师跳进了黑化白子消失的地方，短暂地接触到了色彩的向导者，之后很快被弹回了办公室。

另一边，前往大雪原的忍术研究部发现敌人都不见了，此时天空中的红色也突然消失，取而代之的是基沃托斯标志性的蓝天。正在忍术研究部高兴时，几声枪响打断了她们的交谈。开枪的是百花缭乱委员会纷争调停委员会的副委员长，她将一卷卷轴递给忍术研究部，让她们转交给老师。忍术研究部几人毫不犹豫地打开偷看，发现上面写着葛叶给老师的留言：“将被色彩反转的人复原的方法并不存在。这是与死者不能复生同等的，这个世界的规则。”

视角回到办公室，众人发现六个能量源并未消失，只是换了个地方，这样下去虚妄的圣塔很快又会降临。然而在第六虚妄的圣塔消失前，凛观测到所有圣塔的能量都汇聚到了一个地方，桃香据此追踪了能量的去向，发现汇聚点在基沃托斯上空75000米处的一颗黑色球体。日鞠决定从莉音为末日准备的军火库里掏家伙试试，结果就连技术水平远超千禧的巡航导弹都无法对黑球产生任何效果，就只是穿过了那片区域，仿佛那里根本没有任何东西。就在众人头大之际，花子提出了一种基于量子物理的假说，她认为那颗黑球处于叠加态，是由不同世界存在的概率叠加产生的空间，因此我们的世界作为确定的存在，无法对那片空间进行任何干涉。日鞠据此提出，如果能够和那颗黑球处于同一种状态的话，就能成功干涉黑球。但是要与黑球处于同一种状态就需要计算多世界诠释，而这需要量子计算机，千禧也没有那种技术。就在众人苦恼时，突然发现老师不知道去哪了。

另一方面，老师悄悄与黑服见了面，寻求黑服的帮助。黑服警告老师如果按他的做法去做，老师的肉体可能会遭受不可逆转的伤害，再也回不到之前的状态，甚至可能死去，老师毫不犹豫地答应了。黑服便告诉老师，在天空中被黑色球体包裹着的是名为“阿特拉哈西斯之方舟”（以下简称方舟）的要塞，是无名之神的遗产。而在阿比多斯的沙漠里，沉睡着用来对抗方舟的古代兵器——宇宙战舰“乌特纳比西丁之母舰”（以下简称母舰）。凯撒集团的老大在挖出母舰后，就认为自己已经无敌于基沃托斯，随即突袭了圣域塔，然后色彩降临，凯撒老总风紧扯呼。原本启动它是需要圣域塔的，但现在圣域塔已被破坏，能够启动它的只剩什亭之匣的持有者，也就是老师。老师回到办公室，将这一好消息告知众人，众人随即前往阿比多斯沙漠。

好好还在更新就赶上直播了

击退了凯撒驻守的佣兵后，众人找到了埋在沙中的母舰。从千禧处来了不少人检查这艘巨舰，游戏开发部也来了。然而潜伏在爱丽丝体内的Key请求爱丽丝离开这艘船，因为作为无名之神的王女，这艘船可说是爱丽丝的天敌，一旦启动爱丽丝就可能死去。期间莉音开着小机器人前来协助日鞠，被日鞠训了一通险些被赶下船。不久之后，完成检查的众人发现这艘船完全没有搭载任何武器，75%都由一台巨大的量子计算机构成，与其称它为宇宙战舰，不如叫做会飞的量子计算机。据此众人决定，天亮后就起飞前往高空中的方舟。

TMD一拳把色彩打爆

赶上了，加油更新！

在度过了充满回忆、决心和担忧的一夜后，众人穿上工程部设计的服装在母舰中汇合。以下是参加行动的人员组成：
舰长：凛
操作员：步梦和桃香，花子、亚子、绫音、佳代子、优香、日鞠
地面管制：Veritas&工程部
跳帮马润：对策委员会&游戏开发部
食堂阿姨：美食研究会&枫香
小机器人：莉音
老师则负责启动这艘巨舰。在凛舰长的命令下，老师将什亭之匣接入母舰。伴随着激动人心的BGM，母舰缓缓升空，然后迅速爬升前往方舟。然而与状态良好的母舰相反，老师的脸色变得越来越差，最后昏倒在了舰桥。

这黑服怎么什么都知道啊
不会阴谋论成真，黑服真是一周目黑化老师吧

好好好赶上直播了

前排支持翻译大佬

昏迷中，老师看到了联邦学生会长，在电车中的她对老师说着玩家们已经听过无数次的话语，来自其他世界线的Bad End闪过，她对老师露出了微笑。老师醒来，镜头回到舰桥，莉音发现黑球的状态发生了变化，似乎要逃离母舰，这样下去母舰和方舟的状态不一致的话，就无法对方舟进行干涉。莉音提出要用与方舟作为同一存在的事物来复制方舟的概念，此时作为与方舟同为无名之神的遗产的爱丽丝站了出来。既不是强迫也不是服从，她请求了Key的帮助，还接纳了Key和莉音作为自己的同伴。在Key和莉音的协助下，爱丽丝启动阿特拉哈西斯协议（不知道这是啥的去看Vol2第二章），将母舰的信息分解，重组成了一把巨大的光之剑，一炮击穿了黑球。发射后的爱丽丝陷入昏迷，在梦中，爱丽丝的人格即将消失，而Key决心牺牲自己来拯救爱丽丝。就这样，Key消失在梦中世界里，临走前留下了对爱丽丝的祝福。

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