盘古大殿几十年后，主角卧底魔教得了许多机缘巧合，修为突飞猛进到上清后期，但是不巧被秦无炎发现端倪，意识到其卧底身份，因而算尽机关，让主角怀疑小凡要篡夺他师傅萧逸才的位置。一次开启遗迹的时候主角勿入了囚禁苍龙的地方，恰巧碰到天龙殿的人在竭力寻找唤醒苍龙，主角恰好解除了困龙的机关，加之之前主角在幻境中见过苍龙，所以被苍龙认为伙伴，修为也被龙气加持，直抵上清巅峰，此时天龙殿的人直接对苍龙跪拜，也连带将苍龙的伙伴即主角尊为上宾，此时苍龙展现出了惊人的太清后期修为，秦无炎立刻进一步貌似无意地谈到小凡控制了青云，架空了掌门，意图篡夺掌门，保有诛仙，诛杀包括苍龙在内所有威胁自己的生物。于是不明所以主角和天龙殿与魔教达成统一战线，要消灭小凡。此时又恰巧碰到出来游历的张小鼎，随即被秦无炎擒下交给主角，以此诱骗小凡来救，不过主角虽然相信了秦无炎的话，但对小鼎仍然很关照。之后太清5的小凡前来救子，被太清后期的苍龙突袭受伤，之后又被上清巅峰的秦无炎，主角以及魔教大军伏击，结果虽然突围但中了万毒门奇毒腐肉苔，伤势又加剧。此时秦无炎先行带魔教大军，联系蛮荒的几个长老倾巢而出先行攻击青云，由主角继续看着小鼎，随后和苍龙在后夹击。由于小凡不在，再加上一个上清巅峰数个上清后期和中期的魔教长老以及秦无炎金瓶儿，青云高级战力只有陆雪琪水麒麟，因而被压制，此时上清中期的萧逸才召唤出了自己苦心多年改进的诛仙剑，此时的诛仙只有一道和天成子时期一样的紫气附在上面，可以手持，却短时间内不会反噬，因此战局立刻扭转，但主角代领苍龙赶到，苍龙看见诛仙立刻失控，把萧逸才当敌人攻击，萧逸才不敌，被打到濒死，诛仙被打飞，苍龙这才停止攻击，主角看到以后悲痛难耐，飞上去救师傅，最终在和师傅以及小鼎的谈话里知道小凡没有篡夺之心，意识到自己被秦无炎骗了，此时青云人人自危，魔教彻底突破防线，赶回来的小凡只能准备以重伤之躯强开诛仙，这时他真正理解了道玄。但苍龙意识到威胁，立刻扑上来，重伤的小凡眼看不敌，主角拿起诛仙，不注入法力而遥遥指向魔教大军，苍龙看到又没了威胁，因此不再狂暴，转而听从主角直扑魔教，没有太清的魔教大军立刻崩溃，秦无炎受伤无法跑掉，选择自尽在无数魔教前人葬身的青云山下。萧逸才也没死，被幻月洞救了回来，被主角好好保护的小鼎也被放回来，小凡原谅了主角，此后青云同门之间更无嫌隙，无比团结，主角则带着苍龙游历天下。