可能是我理解能力不行吧，
就是周可儿被抓以后，用假死的计划骗过了明智，后来大家在咖啡店解释计划的时候我没完全把剧情捋清楚。本来就是倒叙，这几个人还你一句我一句的。
楼主的理解是这样的:
首先主角三人团在那次电视访谈上就发现了明智不对劲，原因是明智听到了mona说的松饼，也就是说明智肯定在异世界听见过mona说话才能在现实里听懂mona的话（说实话我当初玩到这的时候完全没注意到，惭愧）。后来明智受邀来到学园祭的时候，与怪盗团私下讨论却装作被mona会说人话而吓到，更加引起了怪盗团的怀疑。
于是怪盗团的双叶就对明智进行了窃听，并成功了解了明智的计划是“埋伏怪盗，把废人化事件嫁祸，并在狱中杀死团长”。随后打算将计就计。
明智将大量的警卫带入宫殿，成功抓获了周可儿，随后从异世界返回并把他关在了牢房里。周可儿利用新岛冴的审讯时间让新岛把自己的手机交给明智，在明智和新岛碰面的时候双叶远程启动导航将这俩人都送进了新岛冴的认知世界。于是明智杀死了新岛认知里的周可儿然后自己走了，新岛在双叶的指引下从异世界回到了现实，然后带走了周可儿