军团三阶段和二阶段区别在于通关后的奖励和作战卡片的不同。难度阶段越高，作战成功时可获得更丰厚的奖励，同时作战卡片给出的要求也更高，三阶段和二阶段可以选择的作战卡片内容如下图。
另外，军团三阶段和二阶段可以获得的道具奖励是不同的。二阶段除了材料外，还可出金牌奖励，包含【深邃深渊之鳞】新神器换装、105领域之主传说袖珍罐道具，算是提供了一个摸金渠道。而三阶段在金牌道具之外，能出自定义史诗，这是专属的奖励。