我记得是老吴当时和时空双子打斗的时候，他父亲的那个竹杖掉进时空漩涡了，导致就没有摩罗那一段的事，所以就等于忍者还没有学飞天旋转术

我是这么理解的，老吴和时空双子打斗时他们都掉进了漩涡，可是主世界不改变，改变的是老吴时空双子以及拄杖去的平行世界，那个平行世界因为有了老吴，时空双子，拄杖(三者包括时间机器可能去的平行世界不一样）所以改变了，当美沙子找到小吴大师并把他带回到主世界（第八季)忍者还记得他，说明整个主世界的一切是不改变的，若改变了，主世界就没有了幻影忍者的故事——因为没有了吴大师。
飞天旋转术，忍者并没忘，我记得在第12季能量帝国的疯狂神殿中，尼雅，杰，劳埃德在闯关的时候用过一次（当时他们说“这让我想起了飞天旋转术”)这说明摩罗那一段还在，他们还记得。
飞天旋转术很强，若用了就显示不出反派的厉害了，再说第8继后又换了公司，所以为了推新元素就淡化了。
至于寇脸上的绿色痕迹，我觉得是从幽灵过渡到人的标志吧，很快就消失了