合金装备5幻痛包含三个主题：种族，复仇，失去。就像副标题“幻痛”的引申含义一样。Big Boss在《合金装备5：幻痛》中遇到的每个角色都曾经失去过某些东西。而一个人失去的东西决定了这个人的一切。在小岛工作室的第四期podcast网络广播中，Sean Eyestone解释说，如果你知道真相，那么宣传视频就将对你有另一层意义。 每个人都失去过某些东西。骷髅脸失去了什么就不用说了。而Big Boss失去了声音，就像达斯维达一样。宣传片中安插了许多类似的细节信息。 不过，在典藏版包含的镜头中，发现了一些非常关键的情节，而这些剧情只在典藏版里有。这段隐藏的剧情被称为“Kingdom of the Flies”，玩家们可以在蓝光光盘中找到。这应该是第51个事件了，该段通过未完成的分镜来讲述这段故事。同时故事中《合金装备》系列的其他作品也配合出现，最重要的是，“Kingdom of the Flies”非常有助于了解Liquid Snake和Big Boss。目前，小岛工作室已经解散，这段剧情也不太可能出现在未来的DLC中。只能说，小岛这次太偏心了！