1代主要围绕黄帝蚩尤两个大boss带着天若宫宁生殿一票人宫心计，2代是皇帝搞事的过程中两个仙人下了一盘大棋，一个加入主角团一个一手搞起暗星七君，中间还有个敌对这两个组织的护凰血族坐收渔利。仔细玩下来就是：以为主角团里都是平凡人，细看各个都是人物，再看基本上都是敌对势力的而且全都各怀鬼胎，到底怎么走到一起去的。
下面整理一下，伏笔特别多：
一代分黄帝蚩尤两条线，进谁的线谁就是最终boss，幕后大黑手。（但是两个人要死要活黑化都是为了凤曦，未免格局有点小。）
先说黄帝阵营。黄帝是温青，大将军雷卞潜伏在蚩尤身边。手上势力天若宫，弟子姬风、水镜、徐庶、司马懿（间谍）、莫千千、苏童颜、年轻一辈的虞冰。天若宫还是蛮可惜的，虽然有错但本质是正义的，被间谍司马懿毁掉了。一代的时候健全的天若宫弟子只剩下虞冰一个年轻人和一堆没名字的。
这里有一个伏笔，姬风被除掉是温青默许的，因为他心怀天下，不容易被利用。
蚩尤阵营是宁生殿，能叫得出名字的只有司马懿和狂酒笑十八，乍一看是一个相对自由、规矩没那么森严的门派，然而后期游戏里处处暗示信徒要上贡、精神不够坚定的容易被洗脑，看起来就像个鞋教。
一代后期蚩尤才复活，而且不是转生，是附身在吕布身上。这也有个伏笔，二代吕布死的时候没有尸体，直接变成一道光飞走了。
吕布作为暗行七君的头子，也是黄帝幕后操纵，最后气数尽了还被利用了最后一下，变成蚩尤的培养皿了。好一个死了都不得安宁。
还有一个没怎么提及的支线，姬风老婆姜秀，和麋香，都是天女一脉。二代里麋香怀疑过自己和姜秀可能是亲戚。这么说姬轩和麋香算不算近亲……（五代表示一代走的是麋香结局？）
说回吕布，天之骁武君，暗行七君大头子。
大老婆严氏多半是护凰血族的间谍，但是严氏死的时候没有变成火焰，可能是像沈嫣一样后来加入的？（有点刘备和孙尚香那味儿了。）
二老婆貂蝉带着女儿貂芷去隆中隐居，游戏中没怎么提到，没说为什么离开吕布，可能是貂蝉真爱作为英雄的吕布，不满受了严氏蛊惑和利益诱惑的吕布所以跑路了吧。（貂蝉这条线讲的好少，二代的貂芷甚至没出场。）
然后是韩靖，新的暗行七君头子，嘴上说着报答吕布去和袁家联合，实际上还是为了沈嫣失败了。
郭嘉，地之慧智君，魏势力，七君中反水最快的一个，去做了曹老板的红玫瑰。（白月光是荀彧，墨宝支线中有个妹子也暗恋这俩人。）看游戏里应该是七君中格局最大，脾气最好，头像最帅的。
不记得游戏里郭嘉是怎么没的了，多半也是英年早逝啊。当然。还是希望他看破红尘和杜宴修仙去。
周瑜，人之美才君，吴势力，和郭嘉交好，但是因为暗行七君的约定，希望扶持孙策自立为王，暂时没反水。
背后牵扯出的吴势力也很有意思。孙策，游戏里一半时间都躺在床上。手持玉龙玺、差一点点就当了皇帝的男人。值得一提的是，郭嘉写信让孙策提防吕布，结果信被楚歌丢了直接导致孙策挂掉，游戏里这一段说的是孙策被五旗搞死，五旗和于吉有重合吗？
孙策老婆大乔，也是护凰血族的间谍，不过算是十分幸运了，全族里唯一一个可以陪在爱人身边的。月姬许诺大乔，只要孙策不当皇帝就可以让两个人恩恩爱爱在一起。最后大乔明明在杜宴提供了让孙策度过劫难的方法的情况下还是让孙策凉了，是不是说明孙策其实有了自立的想法，或者众望所归不能拒绝，所以大乔救不了他了？
小乔，理论上应该和大乔一样是护凰血族的人，不过游戏里有可能没把她们安排成亲姐妹？不然两姐妹同时来东吴当间谍，然后同时反水，也有点奇怪了。小乔的人生经历应该更丰富一些，还和天若宫的人打过交道，应该还有其他的身份。