因为他不是来阻止圣杯战争的，他也不知道圣杯被污染

你这个前提有误，在第四次圣杯战争之前并没有人知道圣杯已经被污染。卫宫切嗣是在与言峰绮礼的对战中接触到了圣杯后才发现了圣杯的不对劲，太太是死后知道的，言峰绮礼也是同一时间看到了这个过程，他们都是到了第四次圣杯战争的最后关头才发现的，所以后面的假设也就无从谈起。远坂家甚至是到了第五次正式战争才发现的问题，此前完全没有意识到。最先发现问题的其实是间桐家的家主，参与创造了圣杯战争仪式的御三家中唯一还在世的他在看到圣杯召唤出了已经快接近恶灵的吉尔·德·雷以后发觉出了一丝不对劲，但是真正得知发生了什么也是在最后了。也就是说直到FZ的尾声前，并没有人发现圣杯出了问题。
再看第五次圣杯战争，卫宫切嗣知道自己活不久了，提前在大圣杯处准备好了一个措施，在接下来大圣杯收集魔力的过程中就会一同准备，并且在下一个60年周期前破坏大圣杯。但是他没有预料到因为第四次圣杯战争中圣杯的完成度已经很高了，大量的魔力除了外泄的一小部分外并没有被使用，因此十年后就收集够了魔力开始了下一轮，切嗣的遗计没有用上。脏砚选择制造一个自己的小圣杯，把第四次圣杯战争中小圣杯的碎片埋入樱的心脏中。虽然手段不明，但他应该有规避问题的办法。吉尔伽美什并不需要许愿，因为被黑泥吐出后获得了肉体，他打算再次统治人类。但是他觉得这世上可有可无的人太多了，因此打算用圣杯里的黑泥清洗人类，挑选能在这样的地狱中存活下去的强韧的人来统治。凛也是在后期发现的问题，因此一样选择破坏圣杯。伊莉雅比较特殊，因为爱因兹贝伦家在漫长的岁月中已经忘掉了原本的目的，把手段当成了目的。所以当别人都是想要圣杯去做什么的时候，爱因兹贝伦想的是只要圣杯完成就算成功。他们的想法是哪怕伊莉雅最后会消失也没关系，只要圣杯的第三法能再现就可以了。