益生菌可通过调节肠道菌群、改善肠道粘膜屏障功能和调节肠道免疫系统而缓解肠易激综合征的腹胀、腹泻、腹痛等症状。近年发现肠道微生物群可能参与了肠易激综合征的发生发展，细菌感染可以诱发感染后肠易激综合征；有一部分肠易激综合征患者存在小肠细菌过度生长或是菌群组成改变的情况，因此，益生菌疗法是目前国际推崇的、在肠道水平对肠易激综合征有治本效果的方法。