厄里斯神殿，阿特、艾默妮、弗诺斯谈论厄里斯的复活。圣域米罗和艾奥里亚感觉到厄里斯的复活，等待教皇命令。纱织也感受到邪恶之种的散播。翔子受到邪恶之种的影响而暴走，玛尤拉及时出现，施展秘闪破折调伏，翔子突破自我。
艾默妮和邪灵士斗树来到官邸，独角兽座邪武发现斗树的真面目，击杀斗树，华为雪滴花（希望）消散。美衣发现艾默妮，天堂旋涡对噩梦秘境（吸走能量），被击退。
厄里斯响子出现在雅典娜面前，翔子及时赶到，两人击退厄里斯，却因阿特阻挠，翔子跟进厄里斯神殿，美衣为救援也来到神殿。
圣域教皇意识到厄里斯的异动，派出米罗去解决。
翔子被杀戮的弗诺斯控制，幸得米罗及时赶到，击杀弗诺斯。
猎户座里格尔成为邪灵士，向阿特报告米罗的到来。米罗轻松击败阿特，里格尔背后捅刀，烧毁阿特肉身。里格尔激战米罗，因翔子的出现而停止。雅典娜小宇宙出现在神殿，希望与翔子一起救出姐姐。
星晓玲毕业，来到官邸保护雅典娜
翔子醒来看到银河战争，圣域教皇派出北冕座卡提亚、南十字座乔格和盾牌座尤安，调查银河战争，处罚私斗圣斗士。
翔子观看银河战争，三人出现使格斗终止，卡提亚一人控制住美衣和星晓玲，并锁住雅典娜，翔子参与战斗，玛尤拉及时出现，将刚才几人转移到场外，一人轻松击败三人组。玛尤拉救下卡提亚，卡提亚回归雅典娜身边。
双鱼座阿布罗狄挟持纱织来到圣域，见到教皇撒加。邪恶的性格出现，幸得善良撒加放入到异次元空间，阿布罗狄将纱织送回官邸。谈话中感受到黄金圣斗士对力量的渴望，希望雅典娜能变得强大。

魔玲出现，告知欧洲圣学院被袭击。迪斯马斯克残忍的袭击圣学院，艾尔达只身抵抗，被迪斯马斯克留活口，处理尸体。官邸纱织为保护大家，准备放假，而魔玲提出训练圣少女。
纱织在五小强的守护下来带圣域，面见教皇。12宫战开始，战后撒加自裁，灵魂来到厄里斯神殿。撒加得到厄里斯协助，成为战神。
厄里斯神殿下方，玛尤拉劝阻翔子进入邪神殿，但再次见到厄里斯响子的翔子被引诱到伊甸园中，因雅典娜和米罗的及时出现而被阻止。
艾奥里亚第一个进入厄里斯神殿，击杀邪灵士，米罗紧随其后，美衣和星晓玲进入邪神殿，而翔子等人守护纱织。
艾奥里亚击碎一个邪神殿大门，却掉入异次元空间，面对幻影哥哥艾俄洛斯和自己黑暗面的挑战。
美衣再次与艾默妮相遇，被狂乱之缚控制，得卡提亚及时出现
艾奥里亚击碎幻影，邪恶亡灵的撒加出现，因执念于征服大地而成为最强之人的野心得到厄里斯力量而复活，两人激战
大批邪灵士进攻圣域，企图邪恶之种混入，邪恶之血想浸染圣域，五小弱、莎尔娜、阿鲁迪巴等圣斗士轻松击退。
无法迪斯诺美亚侵入圣域慰灵室，企图利用黄金圣斗士的尸体制成邪灵士，沙加及时出现，击退无法。
圣斗士们发现邪神殿正向圣域袭来，沙加参透雅典娜和厄里斯之战的意义。
阿特察觉到迪斯诺美亚的异动，前来质问，而带出阿特推出艾默妮去战斗的事实，阿特质疑厄里斯的言行，被里格尔听到。
里格尔传达厄里斯的旨意，在大地遥远的上空建立天上伊甸园，企图吸收人类的纷争永恒存在。并且厄里斯想获得翔子首级，将其带回之人能获得黄金苹果。
疯狂玛尼亚听到这个旨意，信誓旦旦的来到地上击杀翔子。谈话中表明自己将击杀翔子代替其成为厄里斯大人的妹妹。中了黑暗之镜的翔子激发小宇宙再次清醒，一拳击退玛尼亚。
穆提醒贵鬼返回嘉米尔，不要被邪恶之种侵蚀。并回忆米莱和西纳特祈求修复小马座圣衣的经过。
翔子的小宇宙与厄里斯力量一同高涨，轻松击退玛尼亚。在放弃这种共生力量后，翔子败退，但领悟了流星希望力量的翔子与玛尼亚的疯狂毁灭对轰，将其击杀，临死希望翔子能打破厄里斯响子的痛苦。

阿特分身再次出现企图击杀守护雅典娜的翔子，穆及时出现阻止，轻松击杀阿特。
邪神殿内，埃宋出现在里格尔面前，说明自己存在的意义也是守护厄里斯响子，表明带翔子来到姐姐身边。
穆发现雅典娜的灵魂被封印，质问翔子是否还有对姐姐存在的残念，而翔子说出与雅典娜的约定，找到除与姐姐为敌以外，其他击败厄里斯的道路。穆提醒翔子战争的残酷，该决断的时候要果断。翔子被穆传送到邪神殿入口，玛尤拉也出现感谢穆对翔子的理解。
邪灵撒加一招银河星爆击败艾奥里亚，最后企图让艾奥里亚倒向自己，却招到拒绝，米罗及时出现救下艾奥里亚。
盾牌座和南十字座也奔赴前线，邪神殿下碰见骑摩托的艾尔达，知道自己被雅典娜宽恕。
翔子一路奔跑击杀邪灵士，遇到艾尔达，坐上摩托快速前进，来到纷争大树的根部。遇到里格尔，希望带翔子赶快到厄里斯响子身边，艾尔达劝阻无果，翔子答应了。
米罗与艾奥里亚合计在自己进攻撒加的同时，艾奥里亚向空中使出闪电光速拳击毁纷争大树的核心装置，一开始这个打算被撒加看穿，但后续进攻中米罗用数十发猩红毒针集中攻击撒加脚踝，而阻止了撒加的行动，再次被再次使出闪电光速拳将核心装置击碎，邪神殿开始崩溃。
翔子在里格尔的引导下见到埃宋，在埃宋的质疑下，翔子坚定了救出姐姐和雅典娜的决心。
核心装置被破坏，纷争小宇宙溢出，邪灵撒加得到这些力量后，实力极速增长，成为新的战神。
阿特挡在门前，为抹杀人之心，完成厄里斯的完全复活，企图将翔子首级献给厄里斯，却遭到厄里斯的阻止。翔子与厄里斯响子对话后，被轰退。
因神殿崩溃，艾尔达、卡提亚、星晓玲从高处掉下，幸得尤安和乔格及时出现被救下。翔子、米罗、艾奥里亚也退出神殿，回到地上。
厄里斯和战神撒加和其他邪灵一起升上了天空伊甸园。
纱织继续昏迷，星晓玲等圣斗少女细心呵护。鉴于目前圣域实力虚耗的事实，卡提亚与艾尔达征求穆的允许进入星楼，卡提亚说出之前教皇撒加提醒星楼有能助圣域对抗强敌的力量。
两人通过激发小宇宙克服结界压制终于来到星楼。在散发着小宇宙气息的猫头鹰的引领下，通过时空扭曲，来到月神殿前。
猫头鹰是雅典娜的神使，奥莉维亚灵魂的化身。两人商量继续前进，去求得阿尔忒弥斯的协助。遭到月守卫的阻止，吕托斯射出箭，想继续阻止两人前进，但实力相差太大，被艾尔达从背后拎起来。卡里斯托出现，客套两句，卡提亚说出来此的目的是希望月神能出手相助，击败厄里斯，可以不惜任何代价。
但卡里斯托看出两人内心有不纯洁东西，卡提亚对撒加的敬慕与陶醉，艾尔达对迪斯马斯克的憎恶与羡慕。而月神殿不能将次带入，必须接受阿尔忒弥斯之名的死亡之箭。
美衣和星晓玲讨论圣斗少女存在的证明和价值，阿鲁迪巴和穆注意到圣斗少女的异动。
战神撒加阿瑞斯得到厄里斯的允诺，只要能证明自己是地上最强之人，地上的支配权就归撒加所有。撒加提出归还雅典娜灵魂，厄里斯拒绝了。
撒加回忆以前刺杀婴儿雅典娜的经过，奥维利亚是前圣斗少女首领，承担口传雅典娜相关信息的职责。玛尤拉也回忆起婴儿雅典娜被撒加刺杀的过程。
艾尔达掉入月之牢笼，得到卡里斯托恩惠，身上的箭在净化邪恶之种后，便可拔出。在净化过程中，因艾尔达的仇恨而复活的迪斯马思克出现，吕托斯一箭射去却被反噬，幸得艾尔达救下。感受到新主人的召唤，迪斯马思克消失了。
卡提亚也掉入月之牢笼，回忆曾经为调查圣域而叛逃却得到教皇保护的经历。圣域男执事克劳德传达教皇救下卡提亚的经过。看到撒加双面性后，执念带雅典娜来到撒加身边。卡里斯托再次出现，给了拉提亚击碎撒加幻象的机会，得以跟艾尔达一起面见月神。
圣域星晓玲从书中得知神秘果实能治愈神的身体，只身一人来到神圣森林，寻找光辉之树的果实，出于担心，美衣意识到森么中可能存在精灵，南十字座乔格意识到森林可能存在危险便前往驰援。
晓玲遇到以前的好友幽芳，回忆以前在武汉杂技团的日子。但意识到幽芳在训练中意外死亡，产生警惕。变身邪精灵的幽芳说出自己成为邪精灵的过程，嘲弄晓玲实力太弱一番后消失了。

战神阿瑞斯撒加将神殿藏于异次元空间中。玛尤拉也感受到了厄里斯的袭来。
猫头鹰飞到翔子身边，翔子被唤醒。阿瑞斯击碎纷争之星，陨石袭向圣域。
乔格鼓励星晓玲坚持自己走的道路，并发现神之果实的树就在身边。
卡里斯托唤醒卡提亚，肯定了卡提亚对雅典娜的忠诚，带领卡提亚来到月神跟前，得到了蕴含月神之力的黄金发簪和月之羽衣，黄金发簪能抵御邪物的力量，穿上月之羽衣能得到巨大守护。从卡里斯托那里也得知艾尔达已经被吕托斯用赫尔墨斯之靴救起，两人再次重聚，卡提亚也得到洗礼，成为真正的圣斗少女。
两人正要返回圣域时，发现陨石袭向圣域。沙加等人守护圣域免遭袭击。
玛尤拉出现在星之丘，将卡提亚和艾尔达传送回圣域，将得到的黄金发簪和月之羽衣交给雅典娜，自己留下守护星楼，此时埃宋出现在了她身后。
迪斯马斯克出现在阿瑞斯身边，表明臣服。被黄金苹果封印灵魂的雅典娜意识到大地将遭受的灾难，此时吃了神之果实的纱织身体消失了。事实是雅典娜恢复意识后立马来到厄里斯身边，企图以一己之力阻止厄里斯继续向大地投放陨石。阿瑞斯背后偷袭，将雅典娜制服，厄里斯将雅典娜囚禁在纷争大树内，变为养分。
此时，各个邪精灵都再次复活并增强里纷争小宇宙。地上的翔子等人也感受到雅典娜小宇宙正在扩散开。奥莉维亚以灵魂形态现身，表明身份后，开始履行自己圣斗少女的使命。
沙加安定军心，计划与穆一起找寻进入异次元空间的方法，命令阿鲁迪巴和艾奥里亚继续守护圣域。
奥莉维亚说出圣斗少女只要披上神之法衣便可进入神才能去的地方。此时大家意识到月之羽衣的价值。大家披上羽衣后，破损的圣衣得到修复，小宇宙也得到提升，黄金发簪也改变了外形，附着在了圣斗少女身上。正是月神与雅典娜的情谊和圣斗少女与雅典娜的共鸣才会产生这种效果。最后说明圣斗少女的真正使命是贴近雅典娜的心。最终奥莉维亚将圣斗少女们送往异次元入口，同时说出自己便是翔子和响子的妈妈，将救回雅典娜的希望托付给大家。
送完后，奥莉维亚感谢沙加扫清了前进的道路，并表明这一切都是对自己当年诞下两个纷争之星翔子和响子之罪的报应。奥莉维亚说完消失在空中，沙加表明守护雅典娜的觉心。
圣斗少女们在前进的道路上交谈，从以往的记录中美衣得知，13年前当艾俄洛斯救下婴儿雅典娜的同时，玛尤拉也在策划救出翔子和响子，因为包含奥莉维亚在内的圣斗少女们被邪恶撒加清洗了。逃亡路上遇到追击艾俄洛斯的修罗，修罗念其舍命保护孩子的心放走了玛尤拉。
因承受修罗一击而半路倒下的玛尤拉，遇到巨爵座的埃宋，埃宋用圣水救下翔子响子和玛尤拉。
星楼之上，玛尤拉见到成为邪灵士的埃宋不禁惊讶，交谈中得知埃宋执念于守护两姐妹的誓言，而成为厄里斯响子的仆从。来到星楼是想取走奥莉维亚的遗骸。玛尤拉使出绝技阻止埃宋，却被轻松躲开。见到和13年前一样的奥莉维亚的身体，埃宋说出实情，奥莉维亚体内蕴含神力，奥莉维亚灵魂消失后，便成为厄里斯神之容器。玛尤拉释放小宇宙极力阻止埃宋的企图。

圣斗少女们来到异次元空间中的邪神的伊甸园，大家看到的是美好的景象。
伊甸园的魔女哈尔摩尼亚出现在大家面前，提醒不要惊吓到伊甸园内的生灵。警告无果后哈尔摩尼亚使用乐园吐息企图将大家变为花朵寄养在乐园内时，发现因有月之羽衣的驱魔效果而未奏效。接着震碎地面，将圣斗少女们沉入奈落之底。
阿瑞斯本想去往地上消灭对手，但厄里斯提醒雅典娜还留有余力，奇迹常会发生，阿瑞斯一招想彻底击杀雅典娜，但雅典娜的随神胜利女神尼姬出现，挡下攻击。
翔子和晓玲一起人掉入奈落之底某处，再次遇到自称为奈落之主的杀戮的弗诺斯，因为黑暗的掩护，翔子和晓玲的攻击被轻松躲开，两人合计使出组合技极天北辰光（耀眼）和小马彗星拳将弗诺斯彻底击杀。
五人再次相聚，迪斯马斯克突然出现，积尸气冥界波将大家打入黄泉比良坂。
阿瑞斯在雅典娜之盾和胜利女神之雷的抵挡下陷入沉睡，但雅典娜的权杖也破碎了，尼姬消失。厄里斯救下阿瑞斯，表明阿瑞斯因此将继续进化，利用雅典娜的力量来复活阿瑞斯。
艾尔达起身与迪斯马斯克交战，质问迪斯马斯克为何要与厄里斯为伍，被扔进黄泉比良坂入口时，回忆过去。师父丽贝卡为保护居民与暗黑圣斗士对战被杀，纱织给艾尔达继承仙后座圣衣的机会，感受到丽贝卡的鼓励，放弃对力量的执念，为了正义，艾尔达激发小宇宙，一招烈火熔岩雨击退迪斯马斯克。
穆及时出现，说出迪斯马斯克复活的真相，因灵魂在冥界入口徘徊，被厄里斯用邪恶之种捕获而重生为邪精灵，迪斯马斯克憎恶之心导致圣衣变为暗血红色。穆星光灭绝对轰迪斯马斯克的积尸气冥界波。一度遭遇积尸气灭冥界波的吸引而将掉入冥界，得穆水晶墙的守护，艾尔达为挽救大局，突破水晶墙，用黄金发簪刺向迪斯马斯克头部，将寄宿在体内的邪精灵复仇珀伊奈灵魂逼出，正要附身艾尔达时，巨蟹座圣衣挡下，灵魂状态下的迪斯马斯克再次身穿黄金巨蟹座圣衣，积尸气冥界波彻底将珀伊奈送往冥界。
艾尔达等圣斗少女们再次醒来，回到邪神殿奈落之底。艾尔达告诉大家黄金发簪能分离出邪精灵本体。但也告诫星晓玲不仅仅只能靠发簪实现。
沙加和艾奥里亚感受到雅典娜和阿瑞斯小宇宙的碰撞，童虎劝阻艾奥里亚意气用事。厄里斯回忆传说中和阿瑞斯制造战乱纷争的时代，被雅典娜用正义和邪恶终结的过去。新雷帕鲁斯彗星再次出现，冲向圣域。
沙加与穆合计一起延缓彗星前进的速度，并发现一起来到的还有5个邪精灵。
哈尔摩尼亚跪在纷争大树前，用歌声抚慰沉睡的阿瑞斯，兄长恐慌德摩斯出现并交谈，德摩斯劝慰其维持伊甸园的和谐即可。哈尔摩米亚告知圣斗少女们掉入了奈落之底，害怕圣斗少女带着血污污染伊甸园，向德摩斯寻求力量。但德摩斯依然坚持哈尔摩尼亚只需保持温柔和伊甸园的和谐即可，离去。
圣斗少女们感受到雅典娜小宇宙的消失，碰到阿瑞斯仆从狂斗灵败者福波斯，得知雅典娜的处境，被囚禁在大树深处，生命正在被阿瑞斯吸走。
福波斯劝圣斗少女们直接承认失败，但遭到拒绝，将黄金发簪分散到各试炼场中，将圣斗少女们分别送入试炼场，参加败者的游戏。企图消耗时间，让战神阿瑞斯彻底吸收雅典娜生命而完全复活。翔子掉入破灭之山，卡提亚掉入忘却之河，艾尔达掉入虐杀之谷，美衣掉入誓言之湖星晓玲掉入饥饿森林。
米罗回忆起地上的邪神殿崩溃时，里格尔送回了翔子的情景，而此时里格尔出现在了圣域。里格尔已经借由厄里斯的力量成为邪精灵悲怆的阿尔格亚。两人激战
圣斗少女们凭借羽衣和发簪间的共鸣开始了寻找。
卡提亚遇到成为忘却邪精灵的妹妹玛利亚，被忘却之雪包围，意识模糊，玛利亚说是被姐姐杀死的。被雪落无痕击倒，回忆曾经一起在圣学院学习的经过，因训练中提前倒下，玛利亚失去成为南冕座的资格。
玛利亚受到邪神蛊惑，怀疑雅典娜的真实性，叛逃圣学院，卡提亚追赶上后，意识到玛利亚被什么东西控制，因冻气失控将玛利亚冰封后消散。
回到现在，玛利亚用宝石之泪冰封卡提亚，希望能用这种方式与姐姐永远在一起。但出于善良本心留下了眼泪，卡提亚又回忆失去妹妹后向雅典娜做了说明，心从此冻结不断训练自己，成为北冕座圣斗少女。
卡提亚冲破冰封，誓要将控制玛利亚的邪精灵本体消灭，激发小宇宙，用钻石星流击碎妹妹身体，打出忘却列蒂本体。因沐浴了忘却之雪，身体行动的技能都开始忘记，正要占据卡提亚肉体时，玛利亚的灵魂打出冰之壁，阻止了列蒂，原来是刚才的钻石星流中有黄金发簪的力量，净化了玛利亚。卡提亚用黄金发簪打出了冰技宝石短剑，彻底消灭了忘却列蒂。玛利亚与姐姐道别。

德摩斯质问福波斯为何将圣斗少女们放进伊甸园，福波斯巧言不想用自己的手杀死厄里斯的妹妹翔子，而引发麻烦。哈尔摩尼亚继续为阿瑞斯祈祷。
阿尔格亚因失去痛感，硬吃米罗15发猩红毒针而屹立不倒，而米罗却遭到黑色火焰的灼烧。企图用宇宙地狱一击秒杀米罗，却遭米罗猩红针火反击，宇宙地狱超新星对轰猩红毒针安达里士，
晓玲进入饥饿森林，来到剧场遗址，正想拿到黄金发簪时，饥饿的利莫斯幽芳出现出。被饥饿的吐息控制，接着一招饿狼幻袭牙击倒晓玲，正被击杀时及时躲开。回忆两人在圣学院训练的经历，幽芳训练时死亡，带着这份思念成为了小熊座。
晓玲提升战力，极天闪光击击中幽芳，想趁机得到发簪失败，幽芳再次得到厄里斯力量，实力再次提升，与晓玲决战。极天七星闪光击被羽扇豆之花抵消饿狼羽扇刃再次击倒晓玲。晓玲利用炫目的光得到黄金发簪，打出极天煌煌拳，彻底消灭饥饿里莫斯。
南十字座乔格受穆的委托来到五老峰，协助童虎抵御陨石袭击，坚定雅典娜和圣斗少女们的决心。
里格尔与米罗激战，回忆曾经放弃杀死成为厄里斯容器的响子，而成为与世界为敌的邪灵士，开始了悲怆的宿命。米罗打出7针都命中猎户座的星命点，将里格尔击倒。里格尔身体上长出了邪恶之种开出的花，米罗无视穆的劝阻，坚持不会**纵将其寄宿到自己体内，进入了异次元的邪神殿。
玛尤拉借由邪恶之种寄宿自身来到了翔子身边，遇到毁灭阿特，因吸收了大量能量，阿特战力提升。
圣域上空出现出现邪精灵无法迪斯诺美亚，破坏结界进入圣域，沙加释放天舞宝轮将其困住减少伤亡。两人谈话中了解了对方，迪斯诺美亚一招宇宙彼岸将天舞宝轮破坏，进入未知领域。
翔子和玛尤拉被阿特压制击倒，阿特将这一切都怪罪于选错了厄里斯容器，翔子就是灾厄的元凶。阿特使出紫罗兰灾难，企图一招秒杀翔子，为地狱这次攻击，玛尤拉让邪恶之种开花，帮助翔子挡下这次攻击。两人合计当阿特再次打出紫罗兰灾难的时候，玛尤拉抵御，翔子飞翔高空，打出小马流星拳，接着再打出小马回旋碎击拳，将阿特几乎打死，自身也因体力不支昏迷，埃宋出现。黄金发簪再次出现在面前。阿特拖着残肢回到厄里斯跟前，祈求再赐予力量，却被厄里斯无情彻底消灭。

穆察觉到沙加的消失，米罗要求穆将其传送到厄里斯神殿入口。德摩斯意识到米罗的到来，叮嘱福波斯守护阿瑞斯后前去拦截。
地上艾奥里亚感受到邪精灵的入侵，与邪精灵争斗的许丝米那伊激战。锯齿叶刃击中艾奥里亚，许丝米那伊欣赏狮子座的争斗之心，企图占据这幅肉身，但实力相差一招闪电等离子将许丝米那伊击退，但因锯齿叶刃带来的争斗的火焰正在从内部破坏身体，艾奥里亚使血液倒流，将斗争之血流出体外，彻底击退许丝米那伊，但留下接触争斗火焰的身体是不能恢复的告诫。
美衣在誓言之湖遇到曾经的青梅竹马爱德华，邪精灵誓言荷耳克斯也出现，因违背两人曾经许下的誓言，遭到雷槌惩罚，掉入湖中。水中美衣回忆自己与爱德华、纱织童年时的经历。誓言的荷耳克斯附身爱德华，用水属性的永恒锁环控制美衣失后，用雷锤锁住美衣，被美衣体内绽放了誓言之花吸引，企图占据美衣身体变为邪恶誓言之花。美衣将计就计脱掉圣衣，引诱荷耳克斯进入体内，同时羽衣与湖底的黄金发簪产生共鸣，经过内心斗争，圣衣带回发簪，刺向自己胸前，逼出荷耳克斯，再次穿上圣衣，一招天堂地上大漩涡彻底击杀荷耳克斯，爱德华恢复神智，最后变为花逝去。美衣听到邪神殿内传出了歌声，奔向而去。
狂斗灵恐怖的德摩斯来到异次元空间，阻止米罗，利用恐怖之力，使米罗攻击无效，米罗掉入无尽坠落，消失在空间的尽头。
雅典娜与撒加对话，希望撒加能恢复意识，守护大地。
翔子被埃宋救醒，玛尤拉也在旁边，埃宋说出13年前抢走的奥莉维亚的遗体的事情，厄里斯为更进一步得到力量和智慧，想以遗骸为容器，并答应埃宋唤回响子，遗骸被埃宋藏在了邪神殿内，后被阿特发现，交战不敌遗骸被抢走。埃宋本想当厄里斯换身体灵魂出窍时，将其封印。
玛尤拉告诉翔子，埃宋就是13年前玛尤拉将翔子和响子托付的人，后送姐妹俩到日本的原巨爵座白银圣斗士，因叛逃被圣域追兵杀死，后被愿望所困，成为邪精灵，如今看到翔子活着，赶到很欣慰。翔子感念两位的照顾，继续前进。
阿瑞斯觉醒复活，来到厄里斯面前，感念姐姐的帮助，却说地上不能有两位神，便一剑刺向厄里斯。厄里斯呻吟着说这把剑将我的纷争之血力量传递给你，征服世界吧！阿瑞斯却说不需要别人的祝福！厄里斯消失
翔子冲向厄里斯神殿，美衣也来到伊甸园门口，感受到有股力量守护在此。手捧花束的哈尔摩尼亚出现，打出和谐之音压制圣斗少女们继续前进。天堂诅咒击飞美衣，哈尔摩尼亚的力量不断提升，抱怨哥哥隐藏了这种力量，圣斗少女们的圣衣损坏，月神力量也在减弱。哈尔摩尼亚要用和谐之音将圣斗少女们变为伊甸园的鸟儿。

德摩斯感受到厄里斯神殿内强大的小宇宙，感受到哈尔摩尼亚穿上了圣衣在战斗。此时米罗再次出现，德摩斯不相信米罗能再次回来，就算光速也不可能立马回来，但恐惧没有支配米罗。米罗打出的猩红毒针，但对于德摩斯来说这种与曾经战争中的痛苦相比太微不足道了。德摩斯一手控制住米罗，但米罗利用邪精灵里格尔遗留下邪恶之种蓝色火焰的力量挣脱，德摩斯质疑米罗能否承受这种热力。德摩斯再次打出杀招
哈尔摩尼亚回忆曾经与福波斯的对话。福波斯劝妹妹参与战斗，但哈尔摩尼亚因不会战斗而拒绝，神殿地下隐藏着秘密，这有助于她意志坚定地与阿瑞斯和兄弟并肩作战。
翔子来到看三人都倒下，美衣起身，劝说哈尔摩尼亚伊甸园不是战斗的地方，你是维护伊甸园和谐的存在，但哈尔摩尼亚只是说，自己是净化阿瑞斯战场上软弱不纯洁的的人的灵魂。翔子等人感受到神殿内阿瑞斯觉醒的强大小宇宙，美衣企图一人唤醒哈尔摩尼亚，击中手中的邪恶之花，但藤蔓从地面穿出束缚住美衣，翔子上前救援，阿瑞斯觉醒带来的爆炸冲击将攻击打断。
德摩斯将无数恐怖陨石投向米罗，米罗用邪恶之种之力的蓝色火焰将陨石全部击碎，并向德摩斯打出携带灼热蓝色火焰的猩红毒针，将其击退。
哈尔摩尼亚被动接受阿瑞斯的力量后变得更加失控，美衣试图唤醒哈尔摩尼亚，玛尤拉提醒大家阿瑞斯击杀了厄里斯，伊甸园属于阿瑞斯了，阿瑞斯因无法控制厄里斯的力量，和谐的哈尔摩尼亚也被鲜血和战争之力污染，力量失控，伊甸园开始崩溃。翔子等四人合力向哈尔摩尼亚攻击，德摩斯出现救下妹妹。
四人担心艾尔达，翔子担心姐姐，继续接近纷争大树，再次遇到福波斯，
米罗看到纷争大树周围另一空间，但感受不到雅典娜的小宇宙，突然被吸进去，见到觉醒更加强大的阿瑞斯撒加，阿瑞斯一剑刺向米罗
虐杀之谷艾尔达寻找黄金发簪，遇到屠杀三姐妹欺瞒的帕蒂、掠夺的莱拉、屠杀的安德洛克达斯娅，三人本是死亡皇后岛的暗黑圣斗少女，地狱之火将艾尔达击飞，三人再使用死亡女神三角攻击艾尔达，但艾尔达一招火焰熔岩雨将三人秒杀。但艾尔达被福波斯一招挑衅旋涡送往未知空间。
美衣正要进攻，但看到福波斯的震慑的眼神就停止了攻击，福波斯要将4人也送往未知空间时，艾尔达在异空间看到了迪斯马斯克的幻影。这时吕托斯出现，救回艾尔达。一箭射中福波斯胸口，旋涡消失，救下圣斗少女们。
吕托斯回忆月神领域找到月之魔女赫卡特，希望能想办法去往地上帮助圣斗少女们与邪恶战斗，赫卡特说可以拿十年寿命做交换，吕托斯答应了，并长大了十岁，穿上赫尔墨斯神靴来到了邪神殿。

吕托斯向艾尔达表明身份后，继续牵制福波斯，希望圣斗少女们能继续前进，艾尔达留下与吕托斯并肩战斗。翔子，卡提亚，晓玲和美衣继续前进。福波斯在地上痛苦挣扎，对遭受的攻击感到愤怒。另一束光线穿过福波斯，吕托斯在伊甸园上空翱翔，劝埃尔达离开，因为站在那里对付像福波斯是很危险的，从上面瞄准会更安全。福波斯起身反抗，找到了吕托斯的位置，用目光控制住他，使他失去了力量。艾尔达试图阻止福波斯，但他爆发了宇宙，把艾尔达击退。福波斯说向吕托斯投掷一股力量，将其击退。福波斯转向埃尔达，一把利刃从福波斯的盔甲中射出，正要击中埃尔达时，吕托斯另一支箭再次穿过福波斯的胸膛。福波斯质问他怎么还活着。吕托斯向福波斯解释说，因为那是具有月亮净化能力的箭，所以邪恶力量将逐渐消失。吕托斯准备发射最后的箭来击败福波斯，福波斯狂妄以为能用力量击退箭，然后杀死吕托斯。吕托斯瞄准福波斯向他射箭。福波斯迎着箭射，突然埃尔达从后面紧紧抱住福波斯，箭狠狠地射中了他。
艾尔达似乎没有受伤，向现在已经长大的吕托斯表示祝贺，说她还有更多的事情要做。吕托斯也说多亏了艾尔达，他才有勇气继续和她并肩作战，不再是一个“恼人的小家伙”。
伊甸园上空，福波斯被戴莫斯抱在怀里，为自己的失败感到羞愧，他很快就惊奇地发现身体正在变成一种植物。戴莫斯吸收它的能量。
翔子等人继续前进，到达了一个异次元入口，他们看到雅典娜权杖和厄里斯权杖的碎片。回到火边，德莫斯出现声称这两位女神已经死了，并攻击圣斗少女。第二次打击时，艾尔达以身挡下。翔子站起仍然相信女神还活着，德摩斯发现圣斗少女们无畏恐惧，正想攻击却被哈尔摩尼亚喊停了。哈莫尼娅认为哥哥让圣斗少女们违背了她们的女神。圣斗少女们做了她做不到的事，在她被力量迷惑时阻止了她，面对强大的对手，战胜了福波斯，即使面对未知，他们仍然相信希望。戴莫斯似乎对哈莫尼亚的辩护感到惊讶。戴莫斯认为雅典娜是一个不可估量的力量的对手，应该尽快消灭这些女孩，但他并不关心彗星即将撞击地球。戴莫斯把哈莫尼亚和圣斗少女留下后消失了。
美衣感谢哈尔摩尼亚为她们的辩解，而带来了希望。哈尔摩尼亚不保证她们能找到囚禁雅典娜的地方。哈莫尼娅感谢圣斗少女们在战场上让她看到美丽而强大的花朵。
圣斗少女们跳进未知空间！！玛尤拉在空间外围感受不到圣斗少女们的小宇宙，厄里斯的小宇宙和雅典娜的小宇宙都消失了，和13年前相似的情景再次出现。
圣域阿鲁迪巴看见一个小女孩正在哭泣母亲没有了，这个小女孩是邪精灵谎言的弗塞德斯，突然一招弥天大谎袭向阿鲁迪巴，愤怒的阿鲁迪巴一招黄金号角将其击杀。阿鲁迪巴担心着雅典娜和圣斗少女们。
阿瑞斯加快了雷帕鲁斯彗星袭向地面的速度，艾奥里亚出现阻止，地面上穆也在守护圣域，但自身力量有限，想到沙加去哪里了。
沙加与无法者在异次元空间喝茶，迪斯诺米娅对沙加的兴趣要强过外边的战斗，沙加看到圣域将被雷帕鲁斯击中，无法者用不可侵领域以为能完全封锁沙加，但沙加一招天舞宝轮将其突破，同时回到地上阻止邪恶之星袭击圣域。阿瑞斯攻向沙加，此时阿鲁迪巴用天秤座的盾牌挡下攻击，五老峰的童虎将圣衣送到异次元空间，阿鲁迪巴穆、艾奥里亚、米罗、沙加五人各持天秤座武器一同攻向阿瑞斯，射手座黄金箭也射向阿瑞斯体内的黄金苹果，封印黄金苹果的雅典娜咒符被破坏，厄里斯身穿神衣完全复活，阿瑞斯感觉被戏弄了，攻向厄里斯，但厄里斯嘲笑其懦弱一击将阿瑞斯击败。
翔子等人发现雅典娜躺在地上，大家一起拿出黄金发簪开始祈祷，迎接雅典娜的复活，权杖复活，雅典娜起身，退回翔子给的黄金发簪，此时翔子也穿上了圣装衣，挡下厄里斯对雅典娜的攻击，翔子和雅典娜一起与厄里斯对攻，但不敌翔子击败，此时撒加身穿黄金圣衣挡下厄里斯邪灵对雅典娜的攻击，最后雅典娜独自与厄里斯对抗，翔子感受到大家对他的希望，再次回到雅典娜身边，将力量传递给雅典娜，一击将厄里斯肉身击碎，灵魂打出，雅典娜拿出黄金苹果，趁机再次封印厄里斯灵魂，战斗结束。

漫画的故事剧情挺长的，然而动画版却删减了大部分的精彩剧情。

动画好多剧情没演