最开始我们能得到的故事线索就是一段极长的开始动画，以撒玩家或多或少都能看出部分端倪。
故事的伊始来源于一个普通的家庭，这个家庭由一对母子组成，母亲是个宗教狂热主义者，家中的装饰还有母亲的朝圣让以撒耳濡目染，虽说不是很富足，但是也有一段幸福美满的时光。
有一天母亲听到了“上帝”的指引，要求她剥夺以撒的一切，她照做了。以撒对突如其来的改变不知所措惶恐不安，但是紧接着，“上帝”又让母亲把以撒献祭了，母亲毫不质疑的照做了步步紧逼向以撒，以撒也不可能坐以待毙，朝着房间躲去，随着房门被甩开，以撒跳进地窖，游戏正式开始
对于初识这款游戏的玩家来说，这段剧情让人一头雾水，首先是魔性的手绘风其次是让人费解的剧情，以撒的爸爸呢？上帝之声又是谁？为什么以撒的母亲那么轻易的就决定献祭了以撒？以撒之后有什么遭遇？都是待解的谜题，但是我们同时知道了，母亲是个极恶的存在，对宗教信仰到痴迷的程度，宁愿为上帝犯下罪恶。以撒是个十分可怜的小孩，小小年纪就成为宗教牺牲品。

没想到还能在这看见你

当我们第一次通关游戏的时候，游戏进入第二段征程，同时也解锁了第二段剧情
以撒被逼进角落，母亲拿着刀缓步上前，以撒即将被献祭的时候，突然书架上的书像是被附身一般砸在了母亲的头顶，母亲应声倒地，以撒看母亲已死，上前炫耀。
这段剧情是以撒在地牢中探险的结果，对于终章boss是母亲基本上没人会感到意外，起点就源于她始于她也正常，但是以撒的妈妈被打败后，很多疑惑还都没解答，甚至产生了新的疑问，地下的那些道具是什么情况？为什么怪物都被具象化？妈妈为什么那么巨大？
带着疑问我们重返地牢，发现了惊人的事实

支持剧情分析

重返地牢后惊讶的发现地上居然出现了一个豁口，进入后一切都变得更加危险，最终boss也变成了一颗心脏，心脏被击败后出现了一个巨大的箱子。根据在地牢中的习惯我们打开了箱子，这次以撒被巨大的箱子关进去了，随着光线照出，以撒变换着样貌。
带着一脸问号我们多次打败心脏，似乎剧情已经定格于此，后面都是解锁了无关痛痒的道具，除了一个蓝色的人偶。等待第10次（大概）击败了心脏后，心脏产生了异变变成了活体，击杀了活体心脏之后，成功了出现了继续前进的路

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快更

一个是通向万丈深渊的地窖，一个是一道圣光。当你选择圣光时，以撒被传送进天堂，清理完一众房间后，见到了这个阶段的boss——以撒。顿时问从心中来，明明已经杀****，怎么还要紫砂？随着以撒的升天，又是熟悉的宝箱，但是这个时候一切都有了答案
以撒手中捧着圣经眉头紧锁，看向镜子，这个时候他分明看到了一个怪物的身影，随着身影的具象化，他望向了一个箱子
这个时候已经得到了第一阶段的解答，结局的背景分明是一开始的房间，可是我们明明已经杀死了妈妈并且上了天堂，这已经很清楚的告诉我们，这一切的冒险都是在房间进行的，甚至妈妈也没有所谓的献祭，这所有的所有都是以撒幻想出来的，但是自从看了圣经之后，以撒对自己的想法产生了罪恶感，认为自己就是原罪，居然想要弑母。同时退出游戏后界面变为了五块照片拼图，预示着下一段冒险
当你选择地窖时，以撒坠入了地狱，最终boss不出所料的就是撒旦。击败撒旦后又进入了一个金箱子，同时也触发一个耐人寻味的结局。
以撒不断的变化着，自己曾经使用过的角色都出现在以撒面前，最后停留在了房间，虽然箱子闪着金光，但是空空如也，最后以撒蹲进了箱子里，把箱子合上了。
这也是关于以撒对现实的认清，击败了最终boss后，以撒已经不知道下一步应该怎么做了，思绪只能回到房间内，但是比起天堂以撒，以撒没能认识到自我，只是选择把自己往更深的臆想里面推，不惜逃避也不愿意面对，和天堂以撒截然不同

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终于，在五次胜利后你能在妈腿层刷新两个道具了，一个是全家福，一个是底片，两个都通向更深的结局
当你携带全家福进入天使层后，进入金箱子再也不是熟悉的结局了，而是真正的进入了宝箱里面，但是主房间的金色大门告诉你事情远没有结束，只不过你用各种办法也无法进入。这个时候只能去击败你能打败的最终boss，进入boss房后你发现boss居然是之前的蓝色布偶，他的攻击方式和以撒居然出奇的一致，除了他身上有的永久苍蝇。击败小蓝人后还是熟悉的金箱子，不过这次不同，以撒没有跳进去，也没有触发结局动画，只有一摞摞的照片叠在全家福上。
打到这里的玩家击败都豁然开朗了，同样的攻击方式，同样的样貌，挥之不去的苍蝇，蓝色的主基调。很明显的暗示了以撒的死去，结合之前跳入箱子的行为不难推测出以撒已经去世了，一摞摞的照片告诉我们以撒的经历，但是既然如此为什么还有一个金色大门很显眼的告诉你“还有结局！还有结局！”？
当你携带底片进入地狱层时，金箱子也可以进入了，金大门告诉你还有结局，但是你已经没有兴趣了，你直冲boss房，boss名字叫做羔羊，击败boss后又是个箱子，跳入箱子后触发了真结局。没有关于箱子的内容，只有一张的寻人启事，和妈妈的背影。
这里玩家也清晰的知道了，妈妈并没有死，并且以撒也失踪了，是死是活都不知道。也告诉玩家们以撒的妈妈并不是以撒脑海中那个凶残恶心的样子，他也关心以撒。boss的名字其实已经暗示了一切，羔羊承担了以撒的一切罪孽，以撒也在放下一身罪孽后消失不见

插眼

击败了天使后，你拿到了两把通向答案的钥匙，同时解锁了道具爸爸的钥匙进入了宝箱层，金色大门缓缓张开，进去后站在了五芒星中央，一颗巨型的撒旦头颅朝你攻击，承受一定伤害后还会召唤七宗罪和堕天使与天启对你展开攻击，随着头骨渐渐碎裂，你终于知道了以撒的终点
以撒大口喘着气，锁孔的光显得那么微不足道，呼吸越来越急促，以撒产生了一些变化，他慢慢变成了一个真正的恶魔
以撒的结局仿佛就定下来了一样，以撒变成了恶魔，但是他明明已经面对了自己，杀死了自己，为什么还是变成了恶魔，一切都十分的戏剧。以撒的妈妈在外面寻找着以撒，以撒却在箱子一点点变化。能不能再稍微的改变一下命运？

插言，最后的结局是爸爸给以撒讲故事就很耐人寻味

击败妈心后，出现了一个出乎意料房间，里面通向下一层，明明要么上天堂要么下地狱，怎么会出现第三层子宫？抱着疑问我们进入了hush层，这次我们面对的是一个巨大的胎盘。击败了hush后事情远没有结束，在右上角又出现一个大墙缝，里面是一个有吸力的漩涡，我们跳入了一个超级复合层。打败多个boss后，我们见到了终章boss——精神错乱，中间他不断的变换着形态，这些形态全是你路上遇到过的障碍，boss血量越来越低屏幕也越来越奇怪。伴随着一阵阵花屏，冒险告一段落。又是熟悉的金箱子，但是这次他告诉了我们真相。
衔接着底片层结局，妈妈终于发现了躲在箱子里的以撒，但是一阵苍蝇飞过告诉我们以撒并没有变成恶魔，以撒最终还是闷死在了箱子里，没有奇迹，没有恶魔，没有赎罪。
这个结局印证了我们的猜测，以撒确实死了，而且死了很久。以撒在临死前还在忏悔，所谓的变成恶魔不过是意识越来越微弱罢了。boss名字也告诉我们以撒一直处于精神错乱的状态，这层将以撒的所有想象的经历都冗杂在一起告诉我们一切都是想象，以撒的唯一一个结局就只有变成一摊白骨。但是事情真的是这样吗？