2013年, 崔永元“自费”过万赴美“调查”转基因食品的安全问题，宣称：“在美国的超市，转基因食品是有明显标记的，并且和非转基因的食物是分开排放的。并且大部分的美国消费者对转基因的危害是有认识的，且表示，如果能够不买转基因食品的话，他们会尽量避开这类食品，因为对人体的危害性目前还没有深刻的研究。” 崔永元的转基因纪录片在国内引起轩然大波，而且他的结论和国内知名学者力挺转基因的观点大相径庭。2013年9月，崔永元与方舟子关于转基因食品市场化问题在互联网上展开辩论。崔永元2014年称方舟子常收黑基金，是网络流氓和骗子，用骗术获得67万美元，并在美国购入豪宅一栋，要求方舟子“在法庭上证明67万美元是‘正常收入’
2015年6月25日，认为崔永元和方舟子部分微博均构成名誉侵权，各承担赔礼道歉、赔偿损失等责任。但方舟子表示将会上。
2015年3月26日，崔永元在复旦大学举办了一场有关于转基因的讲座。尽管组织方阻挠生物学专业的师生进入现场[23]，但复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授卢大儒最终仍突破阻挠进入现场与崔辩论[24]。面对卢大儒的质问，崔永元问卢大儒，黄金大米到底转了几个基因，卢答称是两个，崔永元则称是七个（真实数量为两个[25]）；卢说转基因安全是科学家共同体的共识，崔则反问卢什么是科学家共同体，并反驳卢说新闻界共同体认为你们这个共同体不靠谱[23]。
2015年7月，新浪微博用户“黑化_番长”发布了一条恶搞性质的钓鱼微博称“肯德基麦当劳薯条被检测出具有潜在毒性的物质氯化钠”。该钓鱼微博被崔永元当成真实新闻转发并置顶（现已取消置顶），并附上讽刺性评论“这不科学，因为这么多年医学界从未发现一例因食用肯德基麦当劳薯条导致病患的顾客，和转基因一样一样的啊！”崔永元的行为引发了公众对其科学素养的质疑，崔永元本人也因为此事件在网络上获得绰号“崔化钠”[23][26]。另外，其“静脉血是蓝色的”、“重水浇地”等言论也引发网络对其科学素养的质疑。
2015年11月，崔永元在个人微博置顶了一条人肉信息，被人肉者网名“飞雪之灵”，是果壳网的一名科普作者，其看待转基因的立场与崔完全相反。在随后长达半月的时间里，崔永元几乎每天都会转发攻击果壳的微博，同时对中国农业大学进行调侃，引发农大部分师生的不满；之后崔永元又以“说脏话”为由，在自己的微博上挂出数十幅农大网友微博主页截图，并辱骂被挂出截图的农大师生为“垃圾”，引发农大师生强烈反弹。事后，中国农业大学微博协会发布了《面对网络暴力，我们该怎么做》一文，称崔永元的行为“曝光隐私”，“造成了较恶劣的影响”，并号召农大学生“不要理会”、“拒绝网络暴力”[27]。其后崔永元及其支持者又多次以网络暴力手段打压反对者。
2017年3月，崔永元宣布下海创立专门售卖非转基因食品的公司璞谷塘。由于其商品定价过高，且商品检测报告显示与中国国家最低上市标准相差无几，甚至被质疑以普通产品冒充绿色食品以及销售不合格产品，在网络上引发了对其采取误导性手段反对转基因的动机的质疑[28][29]。他在同年提交提案，要求追究转基因食品监管上失职的责任，但他在微博上发布的有关提案的帖子被删除。其央视的前同事还通知他，指已收到审查部门的禁令，不准报道其提案。之后他发微博慨叹“实话好难说”，批评删除其提案是给制度抹黑。后来他重新发布遭删除的提案，希望更多人“知晓有人阻扰我把群众的健康问题提出来”[30][31]。
2017年5月，崔永元在微博上和“评论员李铁”展开转基因争论，崔永元攻击李铁称其妻子患胃癌去世和“总吃转基因”有关，李铁则回复称崔永元“太下作”[32]。
2017年7月26日，崔永元在璞谷塘旗下的微信公众号“璞谷塘安全食品俱乐部”微信发表公开声明，宣布辞去璞谷塘担任的所有职务并退出所有股份。他表示，这和他反对转基因食品、导致个人受牵连有关[33]。翌日，崔永元辞职后首度接受采访，称自己最近一直收到恐吓信和死亡威胁，发声明就是为了避免朋友受牵连，但并不意味着妥协：“你们想要崔永元跪下求你们、服你们，门儿都没有。我这辈子要跟你们血战到底[34]。”
2015年6月25日，认为崔永元和方舟子部分微博均构成名誉侵权，各承担赔礼道歉、赔偿损失等责任。但方舟子表示将会上。
2015年3月26日，崔永元在复旦大学举办了一场有关于转基因的讲座。尽管组织方阻挠生物学专业的师生进入现场[23]，但复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授卢大儒最终仍突破阻挠进入现场与崔辩论[24]。面对卢大儒的质问，崔永元问卢大儒，黄金大米到底转了几个基因，卢答称是两个，崔永元则称是七个（真实数量为两个[25]）；卢说转基因安全是科学家共同体的共识，崔则反问卢什么是科学家共同体，并反驳卢说新闻界共同体认为你们这个共同体不靠谱[23]。
2015年7月，新浪微博用户“黑化_番长”发布了一条恶搞性质的钓鱼微博称“肯德基麦当劳薯条被检测出具有潜在毒性的物质氯化钠”。该钓鱼微博被崔永元当成真实新闻转发并置顶（现已取消置顶），并附上讽刺性评论“这不科学，因为这么多年医学界从未发现一例因食用肯德基麦当劳薯条导致病患的顾客，和转基因一样一样的啊！”崔永元的行为引发了公众对其科学素养的质疑，崔永元本人也因为此事件在网络上获得绰号“崔化钠”[23][26]。另外，其“静脉血是蓝色的”、“重水浇地”等言论也引发网络对其科学素养的质疑。
2015年11月，崔永元在个人微博置顶了一条人肉信息，被人肉者网名“飞雪之灵”，是果壳网的一名科普作者，其看待转基因的立场与崔完全相反。在随后长达半月的时间里，崔永元几乎每天都会转发攻击果壳的微博，同时对中国农业大学进行调侃，引发农大部分师生的不满；之后崔永元又以“说脏话”为由，在自己的微博上挂出数十幅农大网友微博主页截图，并辱骂被挂出截图的农大师生为“垃圾”，引发农大师生强烈反弹。事后，中国农业大学微博协会发布了《面对网络暴力，我们该怎么做》一文，称崔永元的行为“曝光隐私”，“造成了较恶劣的影响”，并号召农大学生“不要理会”、“拒绝网络暴力”[27]。其后崔永元及其支持者又多次以网络暴力手段打压反对者。
2017年3月，崔永元宣布下海创立专门售卖非转基因食品的公司璞谷塘。由于其商品定价过高，且商品检测报告显示与中国国家最低上市标准相差无几，甚至被质疑以普通产品冒充绿色食品以及销售不合格产品，在网络上引发了对其采取误导性手段反对转基因的动机的质疑[28][29]。他在同年提交提案，要求追究转基因食品监管上失职的责任，但他在微博上发布的有关提案的帖子被删除。其央视的前同事还通知他，指已收到审查部门的禁令，不准报道其提案。之后他发微博慨叹“实话好难说”，批评删除其提案是给制度抹黑。后来他重新发布遭删除的提案，希望更多人“知晓有人阻扰我把群众的健康问题提出来”[30][31]。
2017年5月，崔永元在微博上和“评论员李铁”展开转基因争论，崔永元攻击李铁称其妻子患胃癌去世和“总吃转基因”有关，李铁则回复称崔永元“太下作”[32]。
2017年7月26日，崔永元在璞谷塘旗下的微信公众号“璞谷塘安全食品俱乐部”微信发表公开声明，宣布辞去璞谷塘担任的所有职务并退出所有股份。他表示，这和他反对转基因食品、导致个人受牵连有关[33]。翌日，崔永元辞职后首度接受采访，称自己最近一直收到恐吓信和死亡威胁，发声明就是为了避免朋友受牵连，但并不意味着妥协：“你们想要崔永元跪下求你们、服你们，门儿都没有。我这辈子要跟你们血战到底[34]。”
