在治疗上大多都会选择应用大环内酯类抗生素，比如阿奇霉素、罗红霉素等，在治疗期间同时应该保持局部的卫生，避免夫妻之间的性生活，因为支原体可以通过性交进行传播，如果有性生活能够将病原体传递给女性，从而在治疗康复之后，如果再有性生活还是能够感染这种病原体。对于支原体阳性的男性，应该同时明确治疗过后，这种病原体是否已经消退，因此在治疗结束的时候，还要进行具体的复查，来评估治疗的效果。对于支原体感染，治疗疗程会比较长，一般在2到3周左右的时间。治疗期间可以再次通过实验室检查，明确治疗的疗效。
抗生素种类繁多，并不是每种抗生素都有效。需通过药敏试验选择敏感的抗生素治疗，但是长期的抗生素治疗下，不少人出现药物过敏或耐药现象、或肝肾功能损害现象，为此经抗生素难以治愈的患者，不得不更换其他的治疗方法。

那么就有很多人开始寻求中医的帮助了，这个时候其实更适合的反而是中药利尿消炎丸，中药的特点其实就是没有抗药耐药性，其具有强大的清热解毒杀菌能力，可以使支原体衣原体在3个疗程左右成功转阴，且对混合型感染的淋病、滴虫等一样有止痒杀菌功效;另外，利尿消炎丸配方的活血化瘀、消肿止痛功效，可以有效的缓解患者尿道口红肿疼痛、会阴胀痛等症状;加之其利尿通淋的功效，可以有效改善尿频、尿急症状，并加速炎性物质的排出。