1周目:这是崩坏2开始的周目,也即“追溯篇”。2周目发生的许多事件都在1周目发生过。
1周目:
2000年,西伯利亚发生了大崩坏,以S级女武神塞西莉亚为首的大量女武神投入战场。在塞西莉亚压制律者西琳无望后,奥托下令发射崩坏裂变弹,夷平了西伯利亚。
约14年后,失去双亲的少女琪亚娜在长空市发生大崩坏时幸存,并遇到了第三律者雷电芽衣。在琪亚娜的感化下,芽衣控制住了自己的心智,两人一同逃离长空市的路上,又遇到了逆熵的少女布洛妮娅。一番战斗后布洛妮娅决定跟两人一同前进,又遇到了天命的女武神无量塔姬子。三人被姬子抓到休伯利安号上,之后努力逃出,但最后在与德莉莎的谈判后决定加入天命成为女武神。
三人刚刚加入天命后不久,德莉莎两度扮作在教堂迷路的小修女,测试她们的责任心。在测试布洛妮娅的过程中,布洛妮娅一度失控,险些进入教堂深处的地下。
三人在天命学习期间,在某处海底发现了幻海密室,里面有一个量子幽灵名为希儿芙乐艾,是布洛妮娅朝思暮想的儿时好友。两度进入幻海密室后,在逆熵执行者可可利亚的恶意干涉下,希儿一度律者化。而后,在机缘巧合之下,中世纪的黑猫化作的梦魇阿尼拉出现,侵入了希儿的意识。布洛妮娅为了保护希儿也进入了希儿的意识之中。在希儿的童话世界中,希儿的两个人格达成了和解,同时也拯救了黑猫的怨念,阿尼拉。最终,阿尼拉化身黑猫,在现实中救活了希儿。(阿尼拉后面多次出现,但是设定有明显的改动,而且谜团太多,因此后面会省略大部分相关内容。)
不久后,可可利亚直接开着战舰月光王座袭击圣芙蕾雅学园,天命与逆熵进行了一场大战。可可利亚认为,需要主动引发大崩坏来筛选人类,实现进化。而引发大崩坏的方式就是让第二律者西琳的核心重合与她的身体结合。在这场混战中,月光王座坠入圣芙蕾雅学园大教堂,打开了底部的密室。而正在舰上的琪亚娜也到达了那里。密室中存放着第二次大崩坏时期诞生的律者——西琳的遗体。琪亚娜的身体与西琳的核心结合,变成了灭世的神。人类文明即告毁灭。
在人类文明毁灭前,第一律者,同时也是逆熵的首领瓦尔特躲进虚数空间中逃过灭世,等到人类文明再次建立后才出来。他坚定地认为自己是人类,要为了保护人类而战。
琪亚娜本身并没有灭世的想法,然而与律者核心结合后,她在神的操控下杀死了几乎每一个人。当她终于能够停下时,整个世界已经陷入了一片荒芜。她所拥有的,毁灭世界的神力,只能杀掉最后一个她见到的人,那就是她自己。她的绝望寄宿在了自己的圣痕中,成为了《逐火之蛾》这个故事的背景舞台。